學校實行校長負責制。校長是學校高行政負責人，在縣委、縣政府的領導下，全面主持學校工作。對外代表學校，對內領導學校的教育教學、行政管理、后勤財務等各項工作。具有工作的決策權、指揮權、人事權、財政權，對全校工作負全責。校長在國家教育方針、政策、法律、法規指導下履行校長崗位職責，黨支部對學校目標的實現起監督保證作用。
學校職能
濮陽縣第二中學堅持社會主義辦學方向，實行的校長負責制。充分發揮黨組織的政治保證作用和工會的民主監督作用。學校致力于培養有理想信念和實踐能力，有開放意識和國際胸懷，有愛國心、報國心、民族魂、強國才的復合型人才。
主要機構
校下設辦公室、教務處、政教處、教研室、總務處、工會、團委等處室，對學校的各項工作進行具體管理。
辦公室：負責協調學校各方面的關系，對教育教學及管理工作提出意見和建議，歸納、綜合、分類、整理各項工作策略及時反饋給學校領導，幫助領導部署和指導學校各項工作。
教務處：積極推進素質教育，重視對學生實施全面的教育，切實按照國家頒布的教學大綱和工作計劃，保證學生得到全面的教育。認真按照學校的工作意見，制定對學生實施全面教育的工作計劃和實施方案。
政教處：負責對學生日常管理和德育教育，組織學生開展各項課余活動，如每年對高一新生進行軍訓，高三學生舉行成人儀式，定期請校外輔導員來校作專題報告等，對學生進行革命傳統教育和法制教育。
教研室：負責學校教、科、研工作，深化教育教學內容、方法、方式等方面的改革，結合學校實際和學科特點認真開展教科研工作，加強對教職工的信息技術的培訓。
總務處：負責后勤工作，堅持“以教學為中心”，積極開展工作，做到了“管理育人，服務育人”。積極為師生排憂解難，勤儉持校，嚴格執行財務紀律，開源節流，創辦校辦企業。
濮陽縣二中歷年高考捷報頻傳，碩果累累，升入國家大學學生眾多，升入各類本科的畢業生不計其數，為社會培養了大量人才。
從二中畢業的莘莘學子不負重望，相繼走向各種工作崗位，成為社會的中堅力量。
