從2003年秋季開始，實施義務教育學制改革與基礎教育課程改革，小學由五年制改為六年制，初中由四年制改為三年制，到2009年暑期學制改革過渡完成。小學從2003年秋季開始，初中、高中從2004年秋季開始，起始年級進入新課程改革，使用新課程標準實驗教材。
2008年東港區有公辦中小學（幼兒園）157處，其中普通高中5處，初中19處，小學109處，特殊教育學校1處，職業學校2處，鎮街道成人教育中心10處，區直實驗幼兒園1處（一園、二園），鎮街道中心幼兒園10處；教職工5555人；在校生9.56萬人。有民辦幼兒園101處，民辦小學3處。全區中小學配備微機5994臺，裝備語音室49套，校園網106個，多媒體教室805個；實施中小學圖書配備工程，學校藏書室使用面積共計6000余平方米，學生閱覽室和教師閱覽室使用面積達9000余平方米，圖書共計105萬余冊。從2007年春季開始實施農村義務教育經費保障機制改革，對學生實行免除雜費、免除課本費、補助生活費等；對普通高中和中等職業學校家庭經濟困難學生進行資助。