上海教育超市成立于1999年7月29日，系根據上海市委市府及市教委關于推進高校后勤社會化改革的指示精神，由上海高校后勤服務股份有限公司出資控股，復旦、交大、同濟、財大等高校后勤實體參股共同出資組建。上海教育超市是全國**家立足教育市場、面向醫療機構、機關團體等企事業單位的商業連鎖企業，始終以辦出規模、辦出特色、辦出效益為目標，以低成本運作為經營指導思想，是上海高校后勤社會化改革的一項標志性工程。2006年9月上海教育超市有限公司正式更名為“上海教育超市連鎖有限公司”。
十余年來，教育超市始終秉持服務師生、服務校園、服務教育的宗旨，不斷擴大規模，強化管理，優化服務，目前，擁有門店150余家，全面覆蓋上海各大、中院校，經營的商品品種達 8000 余種，年營業額超過2億元，累計上交利稅3500多萬元，是上海市會計信用A類企業。
隨著國民經濟和社會發展第十一個五年規劃的全面啟動和科教興國戰略的不斷深入，上海教育超市步入了更為廣闊的發展空間。2005年 11 月 21 日，上海教育超市寶山基地正式動工，并于2007年 2 月16日正式啟用。教育超市寶山基地建筑面積一萬一千多平方米，是集辦公、商品和設備的陳列展示、物流、加工廠房于一體的綜合性物流配送基地，成為上海高校后勤保障實體中的重要一員。
2005年8月，當選為中國高教學會后勤管理分會商貿管理專業部主任和秘書長單位。2011年被評為全國高校后勤服務企業。