上海浦東工程建設管理有限公司成立于1998年4月，是原浦東新區城建局推行“政企分開，事企分開”改革，將下屬事業單位新區公路建設管理署和市政建設管理署建設職能剝離后，重組而成的承擔新區政府財力投資市政基礎設施項目的專業化建設管理公司。上海市浦東新區交通建設發展有限公司成立于1996年5月，是原浦東新區城建局為上海市地鐵二號線浦東段車站建設而組建的國有獨資有限責任公司。上海浦東大禹水利工程建設發展有限公司成立于1999年11月，是原浦東新區農村發展局為水利設施建設而組建的有限責任公司。
2001年10月，上海浦東工程建設管理有限公司和上海市浦東新區交通建設發展有限公司劃入浦發集團，2002年7月，上海浦東工程建設管理有限公司控股重組上海浦東大禹水利工程建設發展有限公司，2003年3月上海浦東工程建設管理有限公司和上海市浦東新區交通建設發展有限公司實現資產重組合并，上海市浦東新區交通建設發展有限公司和上海浦東大禹水利工程建設發展有限公司成為上海浦東工程建設管理有限公司的控股子公司。三公司合并后按上海浦東工程建設管理有限公司組織機構運行管理，但為了對外承接業務方便，對外保留原有三家公司牌子。從此，上海浦東工程建設管理有限公司項目管理領域進一步拓展，成為一家擁有相當規模的大型綜合性專業化工程管理公司。公司業務覆蓋市政、公路、軌道交通、公共建筑、環保環衛、水務、綠化等諸多領域，主要承擔包括高速公路、城市道路、橋梁隧道、地鐵輕軌、雨污水泵站、污水處理廠、垃圾焚燒廠、工業與民用建筑、河道整治、防汛設施、園林綠化等項目建設管理任務以及有關技術咨詢服務等，房屋建筑、市政公用工程的監理等。
公司經過多年浦東開發的錘煉積聚了豐富的資源與經驗，已經發展成為以政府財力投資項目建設管理為主，兼顧社會投融資項目建設管理，逐步與國際工程咨詢公司接軌的現代化管理型和智力服務型企業。截至目前，公司管理的已建和在建項目500多項，投資額達近1000億元。
2000年初，公司成為上海市建設管理行業率先通過ISO9002質量體系認證的企業。2003年公司資產重組后，對質量管理體系進行了梳理，通過了ISO9001質量體系認證及歷次監督審核和復評審核。2009年公司依據GB/T19001-2008/ISO9001:2008標版對質量管理體系進行了轉版。
公司成立至今所建工程項目獲得魯班獎1項、國家優質工程（銀獎）2項、中國人居環境范例獎1項、中國市政金杯示范工程13項、上海市白玉蘭獎4項、上海市市政工程金杯獎34項、上海市十佳市政金杯工程1項、上海市水利建設質量金獎1項、上海市園林杯優質工程7項、上海市用戶滿意工程4項、公司連續10年被評為上海市重大工程立功競賽公司及上海市守合同、重信用企業（AAA級）、上海市用戶滿意企業、上海市綠化先進集體、全國水利企業。
2003年9月，公司獲得“上海市政府投資項目工程管理公司”（代建制）資質。