南碼頭小學地處浦東南碼頭，為創辦于1917年的塘橋鄉第二小學，原址在浦東吳家宅。1918年遷現址。1920年更名為塘南小學，改公辦。抗戰時因校舍被炸一度停辦，1945年復校，稱塘南國民學校。解放后改現名。1958年曾改名為浦東縣東昌第四中心小學，1978年定為南市區中心小學，1993年劃歸浦東新區，稱上海市浦東新區南碼頭小學。

學校校舍全是解放后新建大樓，占地面積7053平方米，建筑面積5993平方米。教學設施有計算機房、語言室、實驗室、圖書室、音樂室、民樂室、舞蹈室、活動室、階梯教室等。全校有34個教學班，學生1300多人，教職工103人。其中中學高級教師2人，小學高級教師31人，占教師總數37%。

南碼頭小學是一所歷史悠久、規模較大的辦學示范級學校。學校現有學生一千二百多人，三十多個教學班，教師近100名。學校曾獲得“區文明單位”、“市行為規范示范校”、“全國雛鷹大隊”等榮譽稱號，還被命名為“全國現代教育技術實驗學校”、“市心理健康教育實驗校”、“市愉快教育研究基地”“雙語教學實驗基地”“新區信息技術特色學校”等。學校擁有一支教學能力強、業務精的教師隊伍，在各科教學中注重、多層面的滲透與實施，如語文教學中的自主探究學習、英語教學中的中外籍教師教學交融、數學學科的多向思維方式的培養等等，在多年來的實踐探索中已形成了自己的獨特風格，在市、區有較高的知名度。學校在參加各級各類的學科競賽中總能名列前茅、碩果累累。

南碼頭小學是以信息科技教育為特色的學校，學生不僅要掌握基本的信息技術知識與技能，更重要的是要具備良好的信息素養。即：信息獲取、分析、加工、創新、利用、交流的能力以及同伴間的協作意識。

學校圍繞著辦學理念“聚多元文化，展人文風采”，制定了學生培養目標“使學生具有<<規范中求創新的文化人>>的基礎素養”。學校以培養目標為邏輯起點，以學生發展的需要為根本，以課程的思想去規劃學校的一切教育教學活動，設置了具有南小特色的課程框架。