上海市環境保護產業研究院，系在科學技術、經濟建設、環保產業日新月異、蓬勃發展的新時期，遵循深化改革、創新體制、創新科技、創新發展的精神，由“百位”聯合倡議，在企業積極支持下，而成立的“民辦非企業公益性”科研單位，與企業緊密結合，與市場緊密結合，充分發揮已經離職和即將離職的、學者、科技人才的聰明才智、研究能力、社會聲譽和從事環保產業多年的事業心和工作熱情；充分發揮大專院校、科研設計單位和大型企業的科研試驗條件；人才資源實行社會化管理、社會化支持、社會化公益服務，是本研究院的特點。
上海市環境保護產業研究院，堅持創新科學技術、尊重科學、重視人才、勤儉建院、求真務實、開拓進取、創新發展的建院精神，積極開展環境建設和環境保護領域里的科技開發研究，加強國際環保技術交流與合作，努力發展高新技術和產品；促進高新科技成果產業化、市場化進程；為企業規劃發展、加強建設、實行科學管理、獲得信息、加強交流、引進技術、開發產品、拓展市場、參與市場競爭提供咨詢和技術服務；為政府有關部門制定政策、加強宏觀調控、規范管理提供基礎服務；為加強行業管理、規范行業行為、制定行業標準、搞好行業服務、促進行業發展提供科學服務。
本研究院下設：大氣凈化應用技術、電除塵應用技術、固體廢棄物資源利用、紙漿模塑、城市綜合垃圾處置、固體廢物、噪聲與振動控制應用技術、有機肥、室內環境檢測與治理、機動車污染綜合防治、臭氧技術、工業廢棄凈化、健康水科學技術、新技術新材料開發14個研究所。經民主協商，由各研究所所長和德高望重業績顯著的共同組成本院技術委員會。[