上海市三林中學創立于清光緒二十二年（公元1896年），是一所具有百年文化底蘊的老校。前身為“三林書院”，院址設于三林鎮文昌閣，由陳行貢生、地方教育家秦榮光，會同楊思武舉周希濂、三林巨商湯學釗集資創辦。清光緒二十八年（公元1902年）改制為“三林學堂”。清光緒三十三年（公元1907年）改為“三林高等小學校”。中華民國元年（公元1912年），校舍毀于火，校長秦錫田（秦榮光之子）與監學趙履福苦心擘劃，重建新舍，改稱“三林、陳行、楊思鄉立高等小學校”，與三林鄉立初等小學4所學校合并，設置學校聯合長管理，聯合長秦錫田。中華民國十五年（公元1926年），楊思劃為市區，遂易名“私立三林小學校”。中華民國十九年（公元1930年）由主席校董秦錫田、校長丁仁科籌劃建立中學部，初名“私立三林職業中學”，**任校長由丁仁科兼任。翌年即改稱“私立三林初級商科職業學校”。中華民國二十六年（公元1937年）“八一三事變”后，日本軍逼境，學校遷至上海公共租界的愛文義路（今北京西路黃河路口）平和里44號續辦，并設高中商科。中華民國三十年（公元1941年）12月太平洋戰爭爆發，日本軍勢力侵入租界，校董會決定宣布中學停辦。時三林原校址曾為日本占領當局辦設的“上海市第四中學”。抗日戰爭勝利后，學校于中華民國三十五年（公元1946年）2月遷回三林鎮原址正式復課。由于學校設備已破壞殆盡，遂改為普通中學，并增設高中班，定名“私立三林中學”。1950年秋，學校增設電訊、機械兩科，招收該校及松江專區初中畢業生。1953年1月，學校改為公立，更名為“上海縣三林中學”。1958年9月，市區曉光中學5個高中班級連同任課教師并入。1965年起向市區招生，接收上海市區高中寄宿生。1966年“文化大革命”開始，教學設施遭嚴重破壞。粉碎“四人幫”后，政府屢撥巨款修繕并建造校舍。1978年1月，學校被列為上海縣重點中學。1993年由原上海縣劃歸浦東新區，現為浦東新區重點中學。學校于1992年被當時的上海市教育局命名為“上海市一期課程教材改革試點單位”，1999年又被上海市教育委員會命名為“上海市二期課程教材改革實驗基地”。