財務管理中心的主要職能是承擔衛生局財務管理與會計核算的各項具體事務性工作，如：衛生局專項資金的管理與核算，全市衛生事業費的決算匯總與分析，突發應急事項有關財務數據的統計匯總，衛生局督察檢查工作中有關財務方面的檢查，衛生局所屬單位的票據管理，收支兩條線管理，衛生局基本建設帳戶和治理商業賄賂帳戶的管理與核算，衛生系統會計人員繼續教育培訓等。