廈門市馬巷中學創辦于1985年8月，舊校區地處閩南文明古鎮——馬巷鎮區，占地只27畝。校名為“福建省同安馬巷中學”，93年5月改名為“福建省同安第十五中學”，97年5月改名為“廈門市同安第十五中學”，98年7月經廈門市人民政府批準升格為職業高中兼辦初中的學校，02年6月根據上級的統一要求改職業高中為職業中專，同年9月經廈門市人民政府批準更名為“廈門市馬巷中學”。06年8月經批準，初中職分離為，初中名為：“廈門市馬巷中學”。