大學
商丘高校數量居河南省第四位，高校在校生7.7萬人，居全省第四位。民辦高校及高職院校均走在全國前列，2010年國務院批準商丘為河南唯一一家全國地方政府促進高等職業教育發展綜合改革試點市。

高校層次

名稱

本科

商丘師范學院
商丘學院
商丘工學院
河南大學護理學院商丘分院
商丘醫學院（籌）

專科   

商丘職業技術學院
商丘醫學高等專科學校
商丘幼兒師范高等專科學校（籌）　

科研

截至2011年底，商丘市擁有或籌建國家級研發中心6家（國家面粉及制品質量監督檢驗中心、國家鋼卷尺質檢中心、國家制冷產品質量監督檢驗中心、國家碳纖維新材料研發中心、國家超硬材料研發中心、國家環保專用設備研發中心），國家級企業研發中心7家，省級企業研發中心20家，市級工程技術研究中心15家。“十一五”期間，商丘市實施國家、省、市級各類科技計劃項目729項，其中省級以上項目近200項。開展各類企業技術創新示范，先后創建國家級創新型企業1家、省級創新型企業2家、省級創新型試點企業1家、省級制造業信息化科技工程示范企業4家、省級節能減排科技創新示范企業6家。