普寧市第二中學（簡稱普寧二中，曾名普寧中學）肇始于1924年，其歷史可追溯到創辦于1830年（清道光十年）的三都書院，1958年成為省地縣三級重點中學，21世紀初成為廣東省首批國家級示范性普通高級中學。學校本校區位于普寧市流沙城區廣南路17號，正在營建的廣達校區位于廣達城區普寧大道東西郊蓮花山公園南側。首任校長陳岱山，現任校長溫俊義。歷史
1830年至1911年
清道光年間，因水、鐵山、桂江三都距普寧城甚遠，學者方高、蘇才及莊德容等分別提出復興家塾及興建三都義塾的倡議，得到時任普寧知縣陳鳳圖的支持，并由他主持在練江北岸興建三都書院。由于是民心所向，“一倡眾和，心蓋不約而同”，“群情踴躍”，鄉民及僑胞捐資以設學田、收學租，東莞教諭蘇才在書院建成之時即歸任山長。建成授業的三都書院與較早興建的昆岡書院和上社書院并稱普邑三大書院。
1871年（清同治十年），潮州總兵方耀籌資重修書院，并以余款置學田，每年租谷除作為書院經費外，還作為給每科試前三名嘉獎。
1905年（光緒三十一年）清政府廢科舉，次年三都書院改置為高等小學堂，設修身、讀經、中國文學、算術、歷史、地理、格致、圖畫、體操等課程。
1912年至1949年
1912年（民國元年）更名為三都高等小學。1924年（民國十三年）春，三都高等小學受命改制，新辦初中部，保留小學部，并正式命名為普寧縣立第二初級中學，此即為今日普寧市第二中學之肇始。次年10月，其附屬高小班招收楊德秀等3名女生，為普寧男女生同校之始。1926年秋，學校校址遷至烏石。1927年，受時勢動蕩影響，學校被迫停辦。
1929年，原普寧縣立第二初級中學訓育主任許蕙生與地方人士張崇岳共同發起，組建復辦普寧縣立第二初級中學校董會，許蕙生任校董主任，聘張崇岳為校長，以烏石高等小學校舍為基礎復辦普寧縣立第二初級中學。1930年，因大量學生參與革命活動，并和軍警發生沖突，被縣政府下令停辦。
1938年，時任普寧縣長的黃偉卿組建復辦普寧縣立第二初級中學校董會，將馬化龍、盧逢生創辦的“流沙中學”及何立賢創辦的“洪陽中學”合并為“普寧縣立第二初級中學”，校址由烏石遷往華市。后因三都書院學租之爭被降格為普寧縣第二區區立中學。1938年末再次被查封停辦。
1946年，縣政府又在白塔秦的秦氏祖祠復辦普寧縣立第二初級中學，張愚溪任校長，次年林志英接任。
1949年至1978年
1949年7月上旬，盧逢生受中共普寧縣委委派接管普寧縣立第二初級中學；8月羅俊三受中共大北山黨委委任校長。當年冬普寧縣立第二初級中學改名為普寧第二中學，并新辦高中部，成為完全中學，并移址于流沙圩東南建設校園，即為今日普寧市第二中學本校區所在。在校園完工之前，學校除白塔秦的秦氏祖祠外，還借居黃家厝、流沙會議舊址教學，并先后于新壇、平湖、彌高設立分教處。
1952年下半年，教育部“向工農開門”的方針使入學不受年齡限制，全校學生超過3200人，成為當時廣東省在校學生多的中學。
1957年秋，廣東漢劇團團長姚傳聲接任校長。1958年，學校于校南端開設校辦工廠，部分產品取得了廣東省輕工業廳認證。
1958年底，普寧二中被確定為“省地縣三級重點中學”，開始面向汕頭地區（即當時的海豐、陸豐、普寧、惠來、潮陽、揭陽、汕頭、澄海、饒平、潮安、豐順、大埔、梅縣、興寧、五華、紫金）招生。1959年，普寧二中開始設立高考考場。1960年，普寧二中120位高中畢業生參加高考，186人獲得大學入學資格，在全省17所重點中學中僅次于廣雅中學及華師附中。
1966年夏，文化大革命爆發，普寧二中被紅衛兵改名為普寧東方紅戰校，教學管理陷入癱瘓，大量教師被遣散到各地。但教學設施、實驗儀器在老教師黃雅流的保護下，沒有受到太大的損失。
1972年當地政府將校名恢復為普寧中學，1979年復名普寧縣第二中學。
