園區二中建校于一九五六年。當時唯亭鎮只有一所完小和數量不多的村小，并且周邊鄉鎮（跨塘、勝浦、斜塘等）也沒有初中，解放初期隨著人民生活水平的日益提高，國民經濟的不斷發展，很多人開始強烈希望能進入初中學習，根據這一情況，當時的吳縣人民政府批準了在唯亭創辦中學，即吳縣唯亭初級中學，當時的學生來源于跨塘、車坊、斜塘、勝浦、唯亭及其他鄉鎮。學校開辦時只有兩個初一班，120名學生，3名教師，1名會計，以后逐漸發展成雙軌制初級中學。到了1969年，當時提出普及高中段教育、讀高中不出鎮的口號，當年3月由角直中學的唯亭籍教師和唯亭籍學生攜帶部分辦學設備，合并到唯亭初級中學，正式開辦了高一班，當時高一只有17名學生。就這樣園區二中有了高中部的歷史，學校名稱改為“吳縣園區二中”，當時園區二中只有八個班，全校學生共有350人，公民辦教師33人。

十一屆三中全會以后，在改革開放的路線指引下，國民經濟逐漸得到發展和恢復，學校的教育也得到發展，從82年到84年，唯亭鎮政府先后投資一百萬元，建起了三幢教育大樓，86年建造了一幢四層教職工宿舍樓，在89年建起了一幢三層學生宿舍樓，學校開始有了一定的規模。到93年底，學校已擁有21個初中班，8個高中班，學生人數達1500名，教職工近一百二十人。

1994年4月，由于唯亭鎮初中段和高中段教育的不斷發展，原校址已不能適應中學教育的需要，搬遷到鎮政府投資八百萬元新建的新校址。不久，由于行政區劃的變動，唯亭鎮劃歸蘇州工業園區管轄，吳縣園區二中改名為“蘇州工業園區第二高級中學”為了適應社會主義現代化建設的需要，正確處理好普及和提高的關系，96年園區管委會決定：園區二中要擴大高中部的辦學規模，由原來的三軌制高中發展成六軌制高中，到97年底，全校共有17個初中班，14個高中班，學生總人數達1600多人，教職工142人。