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誕生于2000年9月的北京師范大學南山附屬中學，是北京師范大學與深圳南山區政府合作興辦的一年現代化的公立實驗中學。學校座落在深圳市南山區美麗的蔚藍海岸社區內，占地46000平方米，建筑面積38000平方米。校園的整體建筑是編難艦船式，體現了現代建筑設計通透、明朗、開放的風格，各類場館設施、功能廳室、教學設備堪稱全國，為孩子們營造了一個優美、舒適、健康的學習環境。
學校按照“國有聯辦，委托管理，自主辦學”的嶄新辦學環境，充分依托北師大雄厚的教育資源和先進的教育技術，在“實施個性化素質教育”這一辦學理念指導下，對于當代我國基礎教育的改革與發展進行了的、獨有的探求。
校長陳俊輝先生為我國著名的數學特級教師、基礎教育，他提出學校的宏偉辦學目標是：在3年內成為校園優美、設施先進、校風良好、師資雄厚、管理科學、質量的深圳名校。目前學校已從全國22個省市招聘教師128人，其中，特級教師3人，國家級骨干教師6人，高級職稱教師30人，碩士13人，教師學歷達標率為100%。盡管學校創辦還不到兩年，但已顯示出強勁的發展勢頭。在教育教學教研中，取得了可喜的成績。全校教師有80余人次在區以上各級各類比賽中嶄露頭角。
隨著學校辦學聲譽日隆，學校領導和教師清醒地意識到學校的建設和發展任重而道遠，因此必須著力加強教育改革的力度，加快教育發展的步伐，為在短時間內把學校建設成為一所立足深圳、輻射東南一代校勵精圖治，再展宏圖。