深圳出入境檢驗檢疫局（以下簡稱深圳檢驗檢疫局）是直屬國家質量監督檢驗檢疫總局（以下簡稱國家質檢總局）的出入境檢驗檢疫機構，正廳級建制。1999年8月，按照國務院及中編辦有關口岸管理體制改革的精神，深圳檢驗檢疫局由原深圳衛生檢疫局、動植物檢疫局和進出口商品檢驗局合并組建而成。
深圳檢驗檢疫局內設辦公室、檢務處、衛生檢疫處、動物檢驗檢疫處、植物檢驗檢疫處、食品檢驗監督處等20個處室，下轄皇崗局1個（副廳級）分支局以及蛇口、文錦渡、羅湖、鹽田、寶安、龍崗、深圳灣等11個正處級分支局，出口加工區、駐郵局、福田保稅區、華南國際物流中心等4個正處級辦事處，以及動植物檢驗檢疫技術中心、食品檢驗檢疫技術中心、工業品檢測技術中心、玩具檢測技術中心、國際旅行衛生保健中心、深圳檢驗檢疫局信息中心、機關服務中心等8個直屬事業單位，以及深圳出入境檢驗檢疫協會、深圳市檢驗檢疫科學研究院兩個掛靠單位。
深圳檢驗檢疫局的主要職責是：
（1）、貫徹執行出入境衛生檢疫、動植物檢疫和進出口商品檢驗法律、法規和政策規定的實施細則、辦法及工作規程，負責所轄區域的出入境檢驗檢疫、鑒定、認證和監督管理等行政執法工作。
（2）、負責實施進出口商品（含食品）的法定檢驗和監督管理，負責實施一般包裝和出口危險品貨物包裝檢驗，負責進出口商品鑒定管理工作，負責實施外商投資財產鑒定，辦理進出口商品復驗工作等等。