蘇州管理局成立于1992年10月，是水利部太湖流域管理局（以下簡稱太湖局）直屬事業單位，負責太湖局直管工程的運行管理，負責授權范圍內的水行政執法、水政監察工作，參與河道管理范圍內建設項目、流域水資源管理等工作。內設辦公室、工程管理科、水政水資源科、建設與安全科、財務科、人事科、太浦河樞紐管理所和望亭水利樞紐管理所等8個部門。