蘇州中藥研究所系香港著名企業家周文軒先生為董事長的香港百草堂有限公司、香港保健協會，于1991年，和蘇州大學（原蘇州醫學院）合作創辦的中藥研究機構。該所成立至今，承擔國家、省、部及香港保健協會等研究項目多項，協作開發成功國家二類、三類、四類新藥數項，在學術刊物發表論文100余篇，獲得10余項部、省、市科技成果進步獎。中國科學院院士陳可冀院士為該所首席特邀研究員，中國工程研究院阮長耿院士為學術顧問，著名菌蕈學家、上海師范大學楊慶堯教授為特邀研究員。歷年來該所培養博士研究生碩生研究生80余人，其中博士生10余人，碩士生60余人。
2012年4月，香港百草堂有限公司和香港保健協會將其擁有的51%股份全部轉讓給蘇州大學，蘇州中藥研究所自此由港資企業轉變為內資企業，成為蘇州大學下屬研究機構。為了更長遠的發展，現本所正在籌建CNAS認證的國家級食品檢測中心，主要從事食品、保健食品、藥品、化妝品及農產品的檢測。目前所有設備均已到位，檢測工作業已開展。