衛生部衛生發展研究中心，前身是衛生部衛生經濟研究所，于1991年成立，是衛生部管理的國家級衛生發展與政策研究專業機構。隨著中國衛生事業發展與改革，研究隊伍和研究領域逐步擴大，國內外合作與交流日益廣泛。主要從事衛生經濟理論、衛生政策和衛生發展與改革等問題的研究，并將研究成果轉化為政策建議，為衛生部和有關政府部門提供技術咨詢和智力支持服務，同時，面向社會，為衛生行業、地方政府、企業提供技術咨詢服務。
中心設有衛生費用核算與政策研究室、衛生財政與績效研究室、醫療保障研究室、支付制度與醫學編碼研究室、醫院管理與改革研究室、農村衛生研究室、社區衛生研究室、公共衛生與風險研究室、衛生人力研究室、藥物政策研究室、衛生技術評估研究室、**衛生研究室、衛生發展戰略研究室、衛生經濟信息研究室、知識交流與傳播研究室等15個研究室（中心）。設科教處、財務處和綜合處等職能處室。另外，衛生部新型農村合作醫療研究中心、中國衛生經濟培訓與研究網絡執委會、中國衛生發展論壇、中國衛生經濟學會秘書處等設本中心辦公。