1918年秋，由上海圣約翰大學無錫同學會唐紀云先生提議，眾會友集資四千元創辦私立輔仁中學。學校早是租書院弄劉撫院的房子，學生增多后于城東蘇家弄將軍橋購地自建校舍50間。

1952年，私立輔仁中學由國家接辦，更名為“無錫市第二中學”。1979年1月，經省市有關部門批準，“二中”與“東林小學”合并，更名為“東林學校”。1982年“二中”與“東林小學”分離。同年市二中被確定為江蘇省重點中學。1992年，市二中新校舍落成，學校從東門原址搬遷至南門沁園新村146號新校舍。同年，二中停招初中新生，成為高級中學。1994年二中邀請部分輔仁——二中校友會代表創辦新的民辦輔仁中學，招收小學畢業生。1997年二中成為無錫市首批教育現代化示范學校。1998年學校隆重慶祝校慶80周年。同年，二中通過國家示范高中的省級驗收。2000年9月民辦輔仁中學從二中遷入與二中一墻之隔的新校舍。同年二中創辦實驗分校，招收兩個高中實驗班。實驗分校在民辦輔仁中學新校舍掛牌。2003年3月二中恢復輔仁老校名。在江南人的心目中，輔仁--二中是一所人才輩出的名校，學界泰斗錢鐘書先生、宇航學家唐鑫源先生等國際著名人士都曾就讀于該校；中國科學院、工程院有十一名院士先后畢業于該校。北京大學校長許智宏先生系該校59屆校友。94載風雨，輔仁不斷探索辦學新路，形成多方面的辦學特色。半個世紀前的輔仁中學，曾以雙語教學特色而獨樹一幟。50、60年代的二中，以高質量的教學聞名遐邇并出席全國群英會。進入80年代，二中在電化教育與勞技教育上走出新路，成為江蘇省先進示范學校。90年代，該校又在體育藝術教育上形成亮點，一批批有特長的學生被選拔到對口高校深造。近年來，該校繼承"以文會友，以友輔仁"的傳統，在人文教育上做時代的新文章，引導學生重視人文學科的學習，以人文精神完善學生人格，本著以人為本的思想推進素質教育，形成新的教育特色。該校目前已經恢復雙語教學試驗，并大力開發校本課程，以更好地繼承發揚輔仁優良傳統。

　　94年的興校史，凝聚成輔仁科研興校的共識。扎扎實實開展教育科研，成為輔仁尋求新發展的突破口。該校承擔的"多媒體課件設計與研究"省級課題，歷時三年，已圓滿結題。該課題的研究推動了現代化教育手段在全校普遍使用，各科教師自行設計制作數百個課件，運用于課堂教學之中，有力地促進了課堂教學的改革。從99年底起，輔仁全體教師又積極投身于創新教育課題的研究。教育要重在培養學生的創新精神與創新能力，為國家輸送更多的高層次創新人才的苗子，正逐步成為輔仁新的辦學理念。目前學校正在開展著多項省市級課題，全校教師做到人人參與課題研究。廣泛深入的教育科研必將使輔仁的辦學更上層樓。

　　94年名校文化的積淀，為輔仁在新世紀再創輝煌奠定了厚實基礎。今日的輔仁不僅具有的軟件資源，也極大地改善了學校的硬件設施。現代化的硬件為輔仁學子的成才提供了更好的條件。1998年輔仁接受了省教委組織的國家級示范高中的驗收，1999年省教委正式行文宣布輔仁通過驗收。2003年輔仁通過省教廳的四星級評估。這標志著輔仁的辦學水平與質量又邁上了一個新的臺階，也成為輔仁在新世紀挺進全國名校行列的嘹亮的進軍號。

為了進一步提升辦學水平，輔仁高中將繼續加強教師隊伍建設，穩步實施好包括校本課程在內的高中新課程，啟動新校區建設，全面創建五星級高中。

輔仁高級中學新校區已有建筑面積33000平方米，還要新建學生宿舍和食堂，并啟動新校體育館、游泳池和運動場地的建設，新建建筑面積近40000平方米。優美的環境，精良的設施，將使每一位學生的身心在這里得到好的發展。2009年搬至原六中位置。