湛江經濟技術開發區是開發區近幾年才創辦的主管環境保護的職能部門，直屬廣東省環保廳，由廣東省環保廳委托湛江市環境保護局管理。目前，湛江經濟技術開發區環保局主要由辦公室（宣教信息科）、污染控制科、環境監測科以及環評管理科，所謂的“三科一室”。