十二中建校以來，學校管理架構完善，一直堅持“以人為本，全面育人”的管理理念，學校“依據黨的教育方針和國家的教育法律法規，依靠上級政府和教育主管部門的支持，依托社會各方力量的協助，依賴全校師生的全力拼搏，依照現代教育發展的規律，順應其趨勢，努力把十二中辦成具有良好社會聲譽、教育教學成績良好、全面實施素質教育、深受家長及學生喜愛的的面上普通完全中學”的總體目標，還提出了以科學發展觀為指導，積極構建和諧校園，努力打造精品教育；強調以科學精神、人文氣息和人格魅力支撐學校的發展，努力把學校打造成為肇慶城區西部一顆璀璨的教育明珠；在堅持“依法治校、科研興校、改革活校、特色立校”的辦學思路基礎上，又提出了“質量強校、人才旺校、文化鑄校、和諧榮校”的辦學理念，學校管理嚴格依法辦事，堅持公開、公平、公正、公道的管理原則。

為了加強學校管理效益，2002年9月開始，學校推行“分部管理”，建立了初中綜合管理小組和高中綜合管理小組，分別行使初中、高中的教師隊伍建設、`教學質量的提高和學生管理等職責，為學校的可持續發展奠定了堅實的管理基礎。

該校是粵西地區（含肇慶、云浮、陽江、茂名、湛江）唯一的一所成為全國綠色學校的中學、肇慶市**所廣東省心理健康教育示范學校、廣東省貫徹《學校體育工作條例》和《學校衛生工作條例》先進單位以及肇慶市文明單位、花園式單位、衛生先進單位、環保教育先進集體、普法宣傳教育先進單位、職業道德建設“十佳單位”，被肇慶市教育局評為市一級學校。