重慶市巴南區氣象局實行重慶市氣象局與重慶市巴南區人民政府雙重領導，以重慶市氣象局領導為主的管理體制。在上級氣象主管機構和本級人民政府的領導下，根據授權承擔重慶市巴南區區域內氣象工作的政府行政管理職能，依法履行氣象主管機構的各項職責。