北京市營養源研究所始建于1977年，直屬于北京市科學技術研究院，是目前國內唯一一家以營養資源為研究對象的多學科、綜合性應用技術研究所。2000年,北京市營養源研究所由事業單位轉制為全民所有制的科技型企業，注冊資金1027萬元，子公司8家，其中高新技術企業3家。2011年北京市營養源研究所被北京市科學技術委員會認定為北京科技研究開發機構。現任所長是高寶華高級工程師。
截止2011年末，北京市營養源研究所及所屬公司共有員工348名，中高級職稱以上80多名；其中：2人享受國務院特殊津貼，1人入選北京市新世紀百千萬人才工程，5人入選北京市人才計劃，5人獲得北京市科技新星計劃資助，24入選北京市科學技術研究院萌芽計劃，8人獲得北京市科學技術研究院青年骨干資助，在站博士后5人。成立以來，累計完成國家、部市級科研成果100多項，獲各級科研成果獎18項，取得發明專利40余項，技術成果轉讓合同項目600余項。科研成果在所屬公司實現產業化項目20余項，產品銷售額已超過6億元。