北京市長安中學成立于1999年。隨著西城區教育布局的調整，西城區教育局將僅有一墻之隔的原北京市第六中學和原北京市第二十八中學合并，整合了兩所學校的教育教學資源，形成了一所規模較大、具有較高辦學標準的完全中學——北京市長安中學。2000年9月1日，時任北京市市長劉淇同志(原北京六中畢業生)在時任副區長胡紅星同志的陪同下，到長安中學參加了開學典禮，并參觀了古老的升平署戲樓和學校典雅的環境。

　　學校地處北京市中心區域，西接中南海，東臨天安門，南望人民大會堂。合校之初，學校領導就制定了“創辦窗口學校”的遠景目標。學校積極探索教育教學改革，辦學質量得到穩步提高。學校努力創造讓學生施展才華的機會，力爭讓每一個學生都能得到全面發展。學校是國家體育總局獨輪車運動培訓指導中心;北京市棋類(圍棋、中國象棋、國際象棋)定點學校;北京市青少年書法教育基地。此外，學校還建有學生管樂團，聘請指導，每年有多名學生通過等級考試。學校重視對外交流，每年都接待數批日本、美國、加拿大等國學生來學校訪問交流，每年組織學生出國見學。

　　2003年，在西城區教委的大力支持下，投資6000萬元對校舍進行全面翻修改建，學校高、初中學生分別遷至地處月壇和西直門的兩處教學點就讀。2004年夏，新校舍改建完成，形成了一所具有古韻的仿古風格的花園式校園，建成之初就被評為“北京市花園式單位”。

　　2004年，西城區教育布局再次調整，將長安中學并入市重點中學北京一六一中學。