北京市長安中學(xué)成立于1999年。隨著西城區(qū)教育布局的調(diào)整，西城區(qū)教育局將僅有一墻之隔的原北京市第六中學(xué)和原北京市第二十八中學(xué)合并，整合了兩所學(xué)校的教育教學(xué)資源，形成了一所規(guī)模較大、具有較高辦學(xué)標(biāo)準(zhǔn)的完全中學(xué)——北京市長安中學(xué)。2000年9月1日，時任北京市市長劉淇同志(原北京六中畢業(yè)生)在時任副區(qū)長胡紅星同志的陪同下，到長安中學(xué)參加了開學(xué)典禮，并參觀了古老的升平署戲樓和學(xué)校典雅的環(huán)境。

　　學(xué)校地處北京市中心區(qū)域，西接中南海，東臨天安門，南望人民大會堂。合校之初，學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)就制定了“創(chuàng)辦窗口學(xué)校”的遠(yuǎn)景目標(biāo)。學(xué)校積極探索教育教學(xué)改革，辦學(xué)質(zhì)量得到穩(wěn)步提高。學(xué)校努力創(chuàng)造讓學(xué)生施展才華的機(jī)會，力爭讓每一個學(xué)生都能得到全面發(fā)展。學(xué)校是國家體育總局獨輪車運動培訓(xùn)指導(dǎo)中心;北京市棋類(圍棋、中國象棋、國際象棋)定點學(xué)校;北京市青少年書法教育基地。此外，學(xué)校還建有學(xué)生管樂團(tuán)，聘請指導(dǎo)，每年有多名學(xué)生通過等級考試。學(xué)校重視對外交流，每年都接待數(shù)批日本、美國、加拿大等國學(xué)生來學(xué)校訪問交流，每年組織學(xué)生出國見學(xué)。

　　2003年，在西城區(qū)教委的大力支持下，投資6000萬元對校舍進(jìn)行全面翻修改建，學(xué)校高、初中學(xué)生分別遷至地處月壇和西直門的兩處教學(xué)點就讀。2004年夏，新校舍改建完成，形成了一所具有古韻的仿古風(fēng)格的花園式校園，建成之初就被評為“北京市花園式單位”。

　　2004年，西城區(qū)教育布局再次調(diào)整，將長安中學(xué)并入市重點中學(xué)北京一六一中學(xué)。