小學教育
清光緒三十一年七月，在府東街賓興公所設立鳳陽縣高等小學堂。光緒三十四年，在三元街設立鳳陽府小學堂（今鳳陽縣實驗小學），光緒三十二年在長淮衛（今屬蚌埠市）設公立兩等小學堂1所，在文昌街及府西街設立兩等小學堂各1所。光緒三十三年小學堂續有增設，有府城南門觀音庵設立兩等小學堂1所，臨淮鎮初等小學堂1所；另有私立初小3所，分別在府城西門外太平街、臨淮關舊巡檢署、城北衛東灣保。光緒三十四年在府城花鋪廊大街增設公立小學堂1所，在臨淮關西馬公祠增設兩等小學堂1所。
民國4年至民國8年，陸續在府城花鋪廊大街、明中都皇城內南庵和劉府、大溪河、武店、殷澗、紅心、井頭（今屬五河縣）、長淮衛分別設縣立**至第九高等小學。民國15年全縣有小學400余所。民國16年北伐后，全縣小學幾乎停辦，至民國25年，全縣共有小學162所，入學兒童8215人，占學齡兒童總數36849人的22.3%。民國27年日軍侵占鳳陽，僅府城、明中都皇城、私立崇文、臨淮署街、立民5所小學開課，學生不足千人。此時由共產黨、國民黨及日偽三分政權，府城被日、偽軍占領，小學恢復緩慢。
民國28年，新四軍除在曹店鄉戴莊村新建縣立小學外，還指令縣、鄉、保三級創建小學。民國30年春，在宋集鄉潘家村召開有教師、學生代表參加的宣教工作會議，專門研究發展解放區的教育問題，會后成立殷澗鄉中心學校。民國31年，日、偽軍進攻鳳陽山區，戴莊縣立小學遭焚毀，該校仍借用民房續辦，常常白天上課，夜晚轉移。
民國34年，抗戰勝利后，鳳陽縣鄉設中心國民小學（完小），有學生3772人，保設國民小學（初小）有學生4344人。1949年鳳陽縣共有小學190所，學生13000余人（包括改良私塾）。經過整頓舊校，改造私塾，1950年，全縣有小學117所，在校學生17663人。從1951年起，各區增設民辦小學，至1958年，鳳陽縣有小學307所，在校學生48929人，入學兒童占學齡兒童78%。1959年至1961年國民經濟三年困難時期，小學教育受到影響，1961年鳳陽縣小學下降為208所，在校學生只有22371人。1962年后小學數量有所增加。1964年，縣教育局抽調14名干部在總鋪區殷澗公社的青山、水庫、大盧3個山區大隊興辦10所耕讀小學作為試點。1965年，鳳陽縣有民辦耕讀小學1210所，學生達33715人。1966年，鳳陽縣小學為1007所，1976年為1093所。
中共十一屆三中全會以后，合理調整學校布局，各公社完小改為中心完小，每個大隊設一完小，鄰近的生產隊合辦1所初小，這樣全縣小學有所精簡。至1985年，鳳陽縣小學為372所，在校學生76374人，適齡兒童入學率達95.2%。
截止2013年，九年一貫制學校7所，中心小學29所，村級小學210所，民辦學校5所，均為十二年一貫制學校。2012年被省政府授予基本普及九年義務教育、基本掃除青壯年文盲工作先進地區。
中學教育
清光緒十九年鳳陽知府在鳳陽府衙東側改建淮南書院（今鳳陽中學），光緒二十七年改書院為“官立經世學堂”，旋改為鳳陽府中學堂，民國期間為省立四中，民國期間鳳陽縣有省立中學三所，即省立四中、六中、第三女子中學。
建國初期，鳳陽縣僅存1所中學，即“鳳陽縣**初級中學”，在校學生97人。民國38年2月，江淮軍區在鳳陽創辦華東大學皖北分校和津淮中學，目的是培訓干部。皖北分校歷時8個月。后建立鳳陽縣**初級中學。1952年創辦臨淮中學（首任校長耿基）。1956年，鳳陽**初級中學增設高中部，校名改為安徽省鳳陽中學，是鳳陽縣建國后**所完全中學。1958年建立小溪河中學、黃灣中學。1959年，原煙草學校改為武店中學。1965年，鳳陽縣有普通中學6所，在校學生1998人。1966年，“五七”中學開辦。1978年棗巷小學在原有初中班的基礎上被批準為棗巷中學。至1985年，鳳陽縣共有中學42所，其中完全中學6所，在校學生21956人，教職工1273人。截止2012年，共有公立學校283所，其中，高級中學3所，完全中學（含職業中學）8所（包括保留高中建制的大廟中學），初級中學26所。
高等教育
鳳陽縣歷來重視專業技術教育，民國3年曾創立蠶桑學校，清光緒三十四年（1908年）建立鳳陽府師范學堂（今滁州城市職業學院），1950年建立皖北高級農林學校（今安徽科技學院），1958年在武店建立煙草學校等。1961年，鳳陽農業機械化學校（今安徽機電工程學校），1960年鳳陽縣有初等技術學校6所，即鳳陽初農、鳳陽煙校、石門山林校、曹店林校、大銀山林校、皇陵農校，合計19個班，學生725人；有社辦農業中學7所，12個班，學生443人。
截止2013年，境內設有本科院校1所、高職院校1所、重點中專1所。