經過幾代學者的努力耕耘，食品工程系不斷發展壯大。2006年6月食品工程系更名為食品工程學院，并擁有食品科學與工程、食品質量與安全、制冷與空調、建筑環境與設備工程四個本科專業。2000年水產品加工及貯藏工程二級學科獲批碩士點專業招生，2005年食品科學二級學科獲批碩士點專業招生，2010年食品科學與工程一級學科獲批，同時學院成立了農產品加工及貯藏工程二級學科。食品科學與工程一級學科、水產品加工及貯藏工程二級學科與食品科學二級學科為校級重點學科。

學院經過多年的師資隊伍建設，目前已經形成一支學歷和年齡結構合理、學緣構成豐富、教學科研能力強、極具敬業精神和創新意識的高素質師資隊伍。學院現有教職工22人，其中教授4人，副教授6人，具有博士學位的教師10人，具有碩士學位的11人。碩士生導師18人（兼職導師6人），博士生導師2人，享受國務院津貼的1人，享受市政府特殊津貼的1人，遼寧省“百千萬人才工程”百人層次1人，千人層次1人，還有1人于2009年被大連市授予“2006-2008年度大連市發明家”。學院重視學術交流，積極選派教師出國進修或合作研究，邀請國內外學者來訪、講學，現有師資梯隊中有8人在國外學習交流半年以上或取得學位。

2011年經過全校專業調整，學院更名為食品科學與工程學院，現有2個本科專業，3個碩士專業，擁有遼寧省水產品加工及綜合利用重點開放實驗室，國家海藻加工研究開發分中心，遼寧省水產品分析檢測綜合技術服務中心，大連市海洋生物資源綜合利用及加工技術工程實驗室等。近些年來，學院以水產品加工及綜合利用重點開放實驗室與國家海藻加工研究開發分中心的建設與發展為契機，以水產品加工及綜合利用為特色，加強了學科梯隊的建設與培養，加大了科研研究力度，提升了本科生、研究生的培養質量。近五年來，學院主持承擔項目61項，其中國家級項目10項、省部級項目22項、市級項目8項，共引入科研經費1750余萬元。學院獲得遼寧省科技進步一等獎一項，遼寧省技術發明三等獎一項，大連市科技進步二等獎一項，“2006-2008年度大連市發明創新項目”一項，其他技術發明等獎項5項。

多年來，學院與大連海青水產有限公司、大連獐子島漁業集團股份有限公司，深圳聯合水產發展有限公司，大連理想食品有限公司，大連新海洋食品有限公司，中聯食品（大連）有限公司，遼寧省大連海洋漁業集團等食品相關知名企業合作共建的實踐基地，為實踐教學提供良好的平臺。學院在國內相關學科領域的影響力不斷提升。