復旦大學出版社成立于1981年，2001年，與上海醫科大學出版社兩社合并，成立新的復旦大學出版社，下轄二級社復旦大學電子音像出版社。2009年9月，出版社正式改制為復旦大學出版社有限公司，現下設編輯部、營銷部、出版部、行政部、財務部、市場部、法務部，另有電子音像出版社、復社圖文制作公司、經世書局、復天公司等核算機構。編輯部下設人文、理科、綜合等編輯室和經管、外語、醫學三個分社。
復旦大學出版社現有員工160多人，年出版新書600余種。復旦大學出版社一直堅持高水準教材與原創性學術著作的出版理念，強調出版社尤其是大學出版社應該承擔起主體出版的重任，堅持大學出版為大學教學與科研服務的宗旨，強化學術出版功能，為繁榮學術和文化的傳承做出貢獻。
為了使出版理念落到實處，復旦大學出版社實施“721”出書工程規劃，即大專院校教材達70%，學術專著占20%，社會讀物占10%。先后打造了復旦“博學”與復旦“卓越”兩大知名品牌；“復旦博學”已推出人文、社科、經管、科技、外語、醫學等6個系列近500種高校教材。這套書以原創性、高質量以及名校、名家、名作作為追求目標，現在已經形成較大影響。圖書品種還在不斷優化和擴充中。2004年，復旦社推出“復旦卓越”系列。目前，“復旦卓越”已推出經濟、管理、物流、會展、保險、外語、學前教育等7個系列的100多種高校教材。復旦“博學”、復旦“卓越”系列教材涵蓋高等教育一級學科二十幾個專業、數百種課程，《中國文學史》、《中國人口史》、《中國思想史》、《晚明史》、《舊五代史新輯會證》、《中國文學史新著》、“復旦學人文庫”、"火鳳凰學術遺產"叢書、"名家專題精講系列"、"現代醫學系列"等等，均是原創性或獨創性的重大學術成果。
復旦大學出版社的作者隊伍經歷了從以復旦作者為主，到復旦作者和外地外校作者并重的轉變。依托復旦，面向全國組稿，在全國范圍尋找適任的作者，是編輯組稿和選題論證時首先考慮的問題。北京大學、清華大學、浙江大學、上海交通大學、華中科技大學、武漢大學、南京大學、南開大學、中國人民大學、廈門大學、吉林大學、北京師范大學等一大批名校的名師成為復旦出版社的作者，哈佛大學、哥倫比亞大學等海外名校的作者也不斷加盟，復旦作者的比例已從前幾年的80％下降到50％，非復旦作者的比例正呈不斷上升趨勢。
復旦大學出版社是獲得國家級圖書獎較多的幾家出版社之一，被媒體譽為大學出版界的“獲獎專業戶”。在全國大學出版社中，無論獲獎等級還是獲獎數量和比例，都名列前茅。20多年來，復旦社已經有300多種圖書獲得過包括中國圖書獎在內的各種獎勵500多項。其中，國家級圖書獎14項。復旦社將上海出版界的重要獎項――“上海出版人獎”的所有獎項囊括其中，成為上海出版界唯一獲此殊榮的出版社。在上海市新聞出版局正式發文公布的2005年上海市圖書社會效益評估報告中，復旦出版社以93.9的高分名列上海14家大學出版社**名，在上海所有出版社中名列第三。新華社以“搖錢樹不出，為本好書等11年”為題，對復旦社致力于學術出版，重視出版的社會效益的做法給予重點報道，中國新聞出版報、解放日報、文匯報、文匯讀書周報等業內外媒體也對復旦社多年來堅持致力于原創性學術著作出版的理念給予廣泛報道。
同時，復旦社并不排斥經濟效益，建社以來，出書、經營規模逐年擴大，現已達年出圖書近千種。復旦社的經濟呈現快速增長勢頭。銷售碼洋從2000年的7708萬元到2005年達到2.1億元，實現利潤從2000年795萬元到2005年的2166.45萬元，相當于翻了兩倍多。“十五”期間，復旦社累計上交學校2000余萬元，資產總額凈增5283萬元，達到8935萬元，國有資產得到增值，我社的經濟實力也不斷壯大。2006年，銷售碼洋達2.4億元，2007年銷售碼洋2.7億元，2008年銷售碼洋2.8億元。