阜南實驗中學系阜南師范學校于1997年轉制組建而成。原阜南師范學校成立于上世紀50年代。

阜南實驗中學2002年4月在全市率先通過組評估驗收，被命名為“阜陽市特色示范中學”；阜南教師進修學校被市教育局確定為“阜陽市中小學教師繼續教育中心”。2013年2月27日，阜南縣實驗中學被國家教育部、國家語言文字工作委員會認定為國家級語言文字規范化示范校。這是實驗中學在同一年里繼獲得全國“五五”普法先進單位后獲得的又一殊榮，是學校文明創建建設發展進程中的又一重大成果。

2013年6月28日，艷陽高照，花木吐翠，阜南實驗中學校園內處處洋溢著節日的喜慶。鮮艷國旗下寫有“阜南實驗中學安徽省示范高中”的巨型背景牌格外惹人注目。9:30分許，儀式開始。縣委常委、縣委宣傳部部長劉峰主持揭牌儀式，實驗中學校長尹維川致歡迎詞，市教育局副局長張如明宣讀安徽省教育廳批復文件，阜南一中校長劉聳致賀詞，副縣長李先鋒代表縣委縣政府致辭，市政府副市長黃珍，縣委書記、縣人大常委會主任白飚出席并共同為阜南實驗中學榮膺“安徽省示范高中”揭牌。出席揭牌儀式的還有縣人大常委會副主任周莉、介紹副主席楊翠萍、縣教育局局長安志剛、縣直學校及各鄉鎮中心學校校長、學生家長代表及特邀嘉賓、全校師生員工等。

2001年首屆高中畢業生78人參加畢業考試，本科達線15人；

2002年本科達線63人；

2003年本科達線86人；

2004年本科達線271人（含藝體）；

2005年高考本科達線350人（含藝體），其中王翠同學以620分的成績榮膺縣“文科狀元”。另外中小學校長、教師的培訓工作成績顯著，，先后承辦中小學校長崗位培訓班、提高培訓班、研修班共15期，培訓校長3450人次，學歷培訓5100人次，學歷提高培訓410人。鄉鎮轉崗分流人員和新教師培訓670人，骨干教師培訓100人，全員培訓、校本培訓參訓8750人。

2005年被命名為“安徽省語言文字示范學?！?，并通過國家示范性縣級教師培訓機構評估驗收。

2012年本科達線500多人。

2013年被評為安徽省示范高中。