歷時三年，遷至倉前山太古坪（今倉山小學內）。1873年買下外商經營的“太茂茶行”作校舍，即現在的十六中校址（倉前山麥園路35號）。1909年改校名為“毓英女塾”，學校自創辦至此時都沒有固定的學制，以后學制定為8年制，再改校名為“毓英女子學校”，1927年向當時的福建政務委員會申請立案，9月新學期開始時，正式定名為“福州私立毓英女子初級中學”這一校名一直沿用至1952年。

“毓英”自1859年創辦到1952年人民政府接辦，共93年歷史，畢業學生約1200人（平均每年畢業約13人）。“毓英”的辦學經費來源于衛理公會，主理校政者均為美藉女傳教士。1927年“收回教育權”后，成立校董會，由校董會指派三人，組成三人小組主理校政，兩年后改為董事會下的校長制。

抗戰時期，“毓英”四度遷徙（遷往閩清、順昌），二度易名（改為衛理公會所屬的“三聯中”）。

1952年7月，福州市人民政府接辦“福州毓英女子初級中學”，并將“福州私立尋珍女子初級中學”和“福州私立郵電學校”的女生并入，成立“福州第二女子中學”，由初級中學改為完全中學，學校性質由私立轉變為公立。

1956年，“福州第二女子中學”改名為“福州第十六中學”，男女學生兼收，結束了女校歷史。