一九六六年五月，“文化大革命”開始。六月十五日，漣中高三（乙）班七個同學貼出**張大字報，學校就停課“鬧革命”了。縣委旋即派工作組進校，組長是姜永懷。工作組進校后，實際上接管了學校的權力。接著，學校成立籌委會，高二學生湯伏茂為主任。七月十日，工作組宣布初一、初二放假，初三以上學生留校鬧革命。七月十三日，縣里任命姜永懷為漣中校長。冬，師生開始大串連，沖擊“資反路線”，工作組撤離學校，學校分兩大派。一九六七年四月，學校成立革命委員會，高三學生許學德為主任。一九六七年冬，初二至高三學生全部畢業，只留初一學生在校鬧革命，到一九六八年秋，初一學生也畢業了。這段時間學校工作由革委會副主任王宗元主持。
一九六八年九月，工宣隊進駐學校，隊長劉成偉，兼學校革委會主任，上級還派軍代表趙兆杏駐校。此時，六六年暑假招收的初一三班學生。一九六九年六月，楊成功任黨支部書記。一九六九年八月，恢復招生，高、初中學制均為二年，春季始業。一九七四年恢復秋季始業，學制仍是二年。一九七一年，學校受縣里委托代辦中小學師資訓練班，半年一期。一九七七年九月，師訓班與教研室函授組合并，成立漣水縣教師進修學校。
一九七四年七月，工宣隊撤走，劉成偉調出，由楊成功兼校革委會主任。一九七六年四月，楊成功病故，學校工作由副書記兼副主任程樹春主持。一九七六年八月，孫萬清任學校黨支部代書記，一九七八年九月，孫萬清為黨支部書記兼校長。同年，漣水縣政府確定漣水縣中學為“縣重點中學”。
一九七九年秋，初中恢復三年制。一九八零年秋，高中恢復三年制。同年，漣水縣中學被江蘇省教育廳列為省首批辦好的九十五所重點中學之一。
一九八三年七月，孫萬清調出，徐效轅接任校長，一九八四年十一月，徐效轅兼黨支部書記，一九八六年八月，漣中成立黨總支，徐效轅兼黨總支書記。當時的漣水縣中學，高中六軌，初中四軌，全校三十個班級，現有學生一千九百多人，教職員工二百八十多人。
一九八八年八月，劉之聰出任校長。一九九三年八月，張成廣接任校長兼黨總支書記。一九九五年，學校高考本科達線數首次名列淮陰市同類高中之首。一九九七年上半年，淮陰市政府確定漣水縣中學為副縣級單位。八月，張成廣因故離任，由校黨委副書記兼常務副校長薛守琴主持學校日常工作。十一月，繆華林擔任漣水縣中學校長。一九九八年七月，因申報國家級示范高中的需要，根據上級要求，漣水縣中學初中部從本部剝離，初中部全體師生整體搬出本部，在學校東側成立校園的鄭梁梅中學。一九九九年八月，繆華林離任，薛守琴擔任校黨委書記兼校長。學校開始大規模整修校園環境，先后建設了現代化學生餐廳——思源樓、新建學生公寓四座，大大改善了學生的住宿條件；先后集資興建教工安居樓六座，基本滿足了學校教職員工的居住需要，極大地改善了學校老師們的居住環境。二零零零年八月，學校與南京圣特集團合作辦學，在學校西側，原縣府大院舊址興辦漣水縣中學附屬學校——漣水圣特外國語學校。郭文科為校長。學校實行董事會領導下的校長負責制，在省內外招聘教職員工。九年一貫制，小學部四軌，小班化教學，學生近二千人，中學部十軌，在校生近二千人。發展八年來，教育教學成績顯著，目前已經成為享譽縣內外的明星學校。目前校長為江蘇省漣水中學副校長徐峰兼任。
二零零二年二月，季軍出任校黨委書記兼校長。二零零四年三月五日，學校通過國家級示范性高中驗收，成為江蘇省四星級普通高中；次年元月二十二日，經江蘇省教育廳批準，學校正式更名為“江蘇省漣水中學”。
二零零四年三月，萬金龍出任校黨委書記兼校長。次年九月，江蘇省漣水中學開始舉辦“拓招班”，招收全縣初一學生，共四班，第二年招收六班，第三年擴展為八個班。有力地支持了校本部的發展。十月，經漣水縣政府批準，漣水縣第四中學整體并入江蘇省漣水中學，成為江蘇省漣水中學初中部，一定程度上改善了江蘇省漣水中學的生源質量。二零零六年三月，學校決定整修操場，修建標準的四百米塑膠跑道、足球場，修建六個籃球場、二十余座乒乓球臺，并在次年又修建八座籃球場，極大地改善了全校師生的運動條件，促進了體育運動的開展和師生身體素質的提高。二零零七年八月，成功舉辦江蘇省第十二屆中學生運動會（蘇北片），提升了學校在蘇北地區的知名度，增強了學校的影響力。二零零三年以來，江蘇省漣水中學高考本科達線超千人大關，到2008年已連續十四年高考本科達線人數位列淮安市同類中學之首，為漣水縣乃至淮安市的教育事業作出了重要貢獻。
近年來，學校獲得了省德育先進學校、省文明單位、省綠色學校、省生態教育實驗學校、省心理教育實驗學校和全國教育學會心理健康教育研究基地等榮譽稱號。先后成為南京航天航空大學、國際關系學院、河海大學、蘇州大學等二十多所省內外著名高校的生源基地。
江蘇省漣水中學建校八十年了。八十年來，江蘇省漣水中學經歷了戰爭、和平、動亂、建設、改革開放各個歷史時期，在不同的歷史年代里，江蘇省漣水中學秉承教書育人的理念，為國家、為社會培養出了成千上萬的人才。千萬漣中學子從這個美麗的校園起步，邁著沉穩而矯健的步伐，走向祖國各地、世界各方，遍及五大洲。他們中的分子在政界、商界、學界出類拔萃，為國家的現代化建設事業作出杰出貢獻，此外，江蘇省漣水中學還造就了大量的品德高尚、勤奮扎實的普通勞動者，他們也在各自的工作崗位上為家鄉建設默默奉獻。
江蘇漣水中學位于，江蘇漣水中學做到辦學理念新、師德高尚、作風過硬，研究能力、對策能力、理論概括能力強。教師隊伍建設：重點是提高教師實施素質教育的能力和水平，建設一支師德高尚、團結協作、艱苦奮斗、實施素質教育水平高、能力過硬的教師隊伍。于2008年奠基的新校區已初步完工，初定于2011年1月25日全校師生搬入新校區
