南京市第五十四中學的前身早是1955年團區(qū)委創(chuàng)辦的一個文化補習班，校名為“鄧府巷補習班”，校址在中山東路鄧府巷內。初期辦學靚模很小，校園僅有400平方米，校舍與課桌椅是借用職工業(yè)余掌校的，職工業(yè)余學校晚上上課，補習班白天上課。當時只有3個班l(xiāng)50名學生，6名教師，1957年發(fā)展到了lO個班(高一2個班，初三3個班，初一5個班)，550名學生，23名教師（高中畢業(yè)l3人，團員12人)。1957年10寫1O日團區(qū)委、區(qū)文教科決定楊采君同志任付校長和團支部書記。　　1958年3月20日，區(qū)委決定學校更名為玄武區(qū)民辦機械一中和玄武民辦機械二中，機械二中后來發(fā)展為現在的南京市第五十四中學，同時成立了8人組成的校務委員會，由楊采君任機械二中校長。機械二中當時有班級5個，學生264人，教師8人。同年，機械二中與東方無線電廠掛鉤，8月7目改名為玄武區(qū)民辦無線電職業(yè)中學。共4個班197名學生，8名教師，成立了校務委員會，校務委員會由廠方（黨總支書記、勞資科長、團總支書記)與校方（校長、教導主任、團總支書記)等8人組成，政治上受廠黨委領導，行政業(yè)務受區(qū)文教分局領導，學生半工半讀。　　1958年7月，學校按區(qū)委決定，向無線電廠和第四機械廠輸送了近300名學生。8月，學校白手起家，辦起了收音機木匣加工廠相長江修配廠。　　9月，區(qū)文教分局將鄧府巷職工業(yè)余學校的可容納五六十人的八間教室的校舍撥給了該校。　　10月，學校在校內樓上辦起了收音機總裝車間，設有2條安裝流水線，一個月內完成了1661臺收音機的安裝。　　1958年8月，參加江蘇省農業(yè)中學會議，獲得省教育廳4000元獎勵。　　從1958年開始，學校試行過三年制(每周學習3天．勞動3天)，半日制(半天學習，半天勞動)，隔周制(一周學習，一周勞動)等上課制度。　　1959年，學校規(guī)模擴大到8個班(初中7個班、高中1個班)。學生342人．教師l5人。12月第二次參加江蘇省農業(yè)中學展覽會，在自己安裝好的流水線上平均每8分鐘安裝l臺收音機的演示受到省委書記陳光、宣傳部長歐陽、教育廳長吳天石、市委宣傳部長朱剛及其教育局長的贊揚。　　1960年6月，該校光榮地出席丁全國文教群英會，并在會上作了書面發(fā)言。　　1961年春，學校遷址到后宰門東村20號。因東方無線電廠生產材料有困難，學校與廠方脫離了領導關系，隨后學校性質逐漸變化，辦學形式逐漸轉變?yōu)槿罩仆耆袑W。　　1964年，楊采君兼任黨支部書記。　　1966年，學校發(fā)展到12個班(初中8個班、高中4個班)，學生662人。　　1964年，玄武區(qū)委成立了玄武無線電職業(yè)中學、丹鳳街中學、新街口中學、梅園中學等四個民辦中學聯合黨支部。　　1965年上半年，學校又與東方無線電廠掛鉤，因初一、初三學生勞動安排有困難，高三、初三學生即將畢業(yè)，因此掛鉤的結果便是學生的勤工儉學：　　1965年9月，學校共有14個班，738名學生，35名教師，還試辦了半工半讀7個班。這7個班分別是改辦了高三2個班和初三3個班加上高一新招的2個班。學校與市電訊儀表公司掛鉤，設置了機械制造、電訊儀表、無線電元件、電子器件四個專業(yè)，雙方設定實行工讀制，初、高中學制分別為四年，學生發(fā)放生活補貼，標準為高一、初三每人每日6元，高三每人每天8元。　　1966年，該校共17個班。950名學生，47名教師．學校辦學經費全靠學生的學費收入。　　1968年2月，學校改名為八一工讀學校。　　1970年1月，建立黨支部，隸屬區(qū)委，楊宗湯任軍代表，王亮任革委會主任。　　1970年l-2月，又改名為南京市五四中學，仍然由楊宗湯任軍代喪，王亮革委會任主任。學校有10個班，473名學生，55名教職工，校舍建筑面積l846平方米，總面積7338平方米。　　1971年2月，改為公辦全日制完全中學，工宣隊進駐學校，武家齊任指導員，11目武調離，周振東接任。　　1972年5月，王亮調離，魏長增接任革委會主任。　　1975年5目，周振東離任，孫彥旨接任。此時，學校開始隸屬市管。　　1976年3月，孫彥富離任，凌延年接任。　　1977年，學校劃歸區(qū)管。　　1978年8月，革委會取消，魏長增任校長，凌延年任黨支部書記。　　1979年5月，定名為南京市第五十四中學，校長魏長增，黨支部書記為凌延年。　　6月，凌延年調任，由副書記王敬榮主持支部工作至1985年6月。　　魏長增任校長，副書記王敬榮主持黨支部工作，學校隸屬權劃歸市教育局。　　1983年5月，學校遷址到現在校址——后宰門西村20號，校園總面積16225平方米，校舍總建筑面識10500平方米。　　1985年，學校下劃放由區(qū)管。6月，郭長義調任學校黨支部書記至1989年2月。　　1986年，學校創(chuàng)辦田徑業(yè)余學校，破市體委確定為南京市田徑、射擊傳統學校。　　1987年，學校在區(qū)委、區(qū)政府領導下，改革小學招生形式，實施中小學與社區(qū)教育的綜合改革，后宰門地區(qū)四所小學的畢業(yè)生全部就近免試入學。　　1988年2月，學校設立了辦公室，主要負責學校基建工作。　　1988年8月，學校高中部與輕工部南京機電學校聯臺刨辦了機電專業(yè)，為南京市“電、氣、化、特”工業(yè)建設培養(yǎng)機電一體化方面的中等專業(yè)人才。學校共有25個班，140名教工，校舍建筑面積7998平方米，總面積16379平方米。　　1989年2月，副書記余和建主持支部工作至1990年9月轉正。　　1990年8月，學校撤銷辦公室。　　1993年8月，余和建調任，高鳳群接任黨支部書記。　　l993年8目．學校中專部創(chuàng)設涉外秘書及辦公自動化專業(yè)。　　1994年1月，魏長增退休，陸正定接任校長至1997年8月。　　1995年，OA專業(yè)學生被確定為全國第三屆城市運動會選派計算機操作人員唯一指定單位，獲先進集體稱號。中專部OA專業(yè)學生每年承擔南京市中、高考成績信息處理與查詢工作。被省教委、團省委授予“先進集體”稱號。　　1996年2月，學校重新設立辦公室。　　1996年8月，高風群退居二線，李念銀任書記。　　l997年8月，肖經建調任校長。　　1998年，學校中專部又與同創(chuàng)信息產業(yè)集團、市中專(走讀)總校、解放軍通訊工程學院聯合共同創(chuàng)辦了“同創(chuàng)計算機學校”，走出了一條軍民共建、產教結合、中高職教育銜接的新型學校。9月開始首批招生，共二個專業(yè)，計算機信息處理與網絡各2個班，182名學生。同年機電專業(yè)停止招生。　　1999年9月，政教處改為德育處。同創(chuàng)計算機學校中專部繼續(xù)招生4個班，160名學生。五十四中學和中山植物園攜手共同研討如何利用中山植物園豐富的植物資源，改進課堂教學，激發(fā)學生學習生物的興趣，把生物課中的一些內容搬到植物園的大自然中去上。　　1999年9月，李鳴同志任教導處副主任，免去原教導處主任助理職務。劉明虎同志聘任為德育處主任助理，任期一年。　　1999年11月，制定了《南京市第五十四中學全員聘用合同制實施方案》，并經過五十四中學五屆三次職工代表大會的通過。校長與全校教職工簽訂了聘用合同。　　1999年12月，南京市五十四中學檔案工作目標管理，評審驗收合格達到市級標準。南京同創(chuàng)計算機學校計算機教研組通過驗收合格達市級標準。　　1999年12月，五十四中學醫(yī)務室通過市衛(wèi)保所驗收獲市衛(wèi)生室，享免檢。圖書館、化學實驗室、物理、語音、生物實驗通過區(qū)級驗收。　　2000年3月，原南京市第五十四中學（塑料）工章作廢，新（原子印章）南京市第五十四中學公章啟用。　　2000年3月，五十四中、同創(chuàng)計算機學校“少年科學院”經團市委批準正式成立。“少科院”聘請了著名天文學家王思潮研究員和海軍指揮學院政治部主任萬九如少將擔任名譽院長。聘請紫金山天文臺、中山植物園、海軍指揮學院的擔任科技顧問　　2000年4月，同創(chuàng)計算機學校（籌）公章（原子印）正式啟用。　　2003年4月，玄武區(qū)“轉化后進生現場會在該校進行。初二（3）班（班主任張小愉）召開了主題班會，全區(qū)各中小學德育處主任、區(qū)關工委教委領導到場觀摩。該校與省科學宮達成共識，把五十四中部分課堂搬進科學宮實地教學。這是該校去年把生物教學走進中山植物園之后，在素質教育方面的又一舉措。　　2000年10月26日，香港循道衛(wèi)理中學部分教員來校參觀交流（這是第二次來校參觀、交流）。10月30日昨天中午，中山東路逸仙橋下突發(fā)感人一幕，一名中學生跳入冰冷河中救起一名已奄奄一息的幼童。他就是這校初三（5）班學生黎旭光同學。此舉被江蘇省有線電視臺“星網傳播”、金陵晚報（2次）、江南時報、快報、南京日報分別在媒體報道。（資料詳見檔案）　　2000年11月，五十四中學與中山陵孫中山紀念館簽訂了共建愛國主義教育基地協議書。　　2000年12月，該校順利通過南京市德育先進學校驗收。2000年12月，經過一個多月的精心準備（書籍編號、注冊、編碼、輸入、上架）市級A級圖書館驗收工作順利通過。　　2001年元月國家教育部、省教育學會、市教科所“九·五重點”課題中華傳美德教育，玄武區(qū)實驗學校研究成果簽定會。　　2001年2月，出臺《南京市第五十四中學公費醫(yī)療管理辦法》　　2001年2月，選舉新的一屆支部委員。李念銀、肖經建、張正華、張紅鋼、劉平當選為支部委員。張正華同志為宣傳委員，肖經建同志為紀檢委員，張紅鋼同志為青年委員，劉平同志為組織委員。　　2001年3月，經過全校師生的共同努力，今天順利通過示范初中的驗收。　　2001年7月，在堅決維護每個畢業(yè)生接受教育的正當權益、參考率達95%的情況下，該校今年中考成績在區(qū)十大校中名列第四，省重點校達線率39.4%，實現預期目標。　　2001年8月，該校中專部應屆畢業(yè)生推薦就業(yè)率繼續(xù)保持100%，考入各類高等學校人數創(chuàng)歷史新高，升學率為98%，學校良好的辦學質量得到社會承認。　　2001年8月，經支部考核、教代會民主評議通過，校長辦公會研究決定，聘張曉愉為校辦公室主任助理，馮麗為德育處主任助理，康凱為教務處主任助理。　　2001年8月，張正華、仇青山退居二線　　2001年9月今年職業(yè)學校招生繼續(xù)呈滑坡態(tài)勢，該校在有分數線的情況下超額完成招生計劃并擴招32人，招生情況在全市職業(yè)學校及中專校中名列前茅。　　2002年8月五十四中原校長肖經建調入13中，原13中副校長冉冀寧調入五十四中學任校長。　　2002年10月學校為每位教師配備了臺式電腦到位。教室的多媒體設備安裝到位。校園信息化工程初具規(guī)模，開通了光纖寬帶網。　　2002年10月，2002屆，中高考表彰會。中高考成績喜人，中考名列全區(qū)第三，達省重點高中分數線154人，其中市屬學校41人、普通高校單獨對口招生和成人高考的錄取率為98%。　　2002年11月學校辦學階段目標進一步明確，“三個提高”形成共識，六屆一次教代會討論通過了《南京市第五十四中學章程》、《南京市第五十四中學獎金津貼分配方案》，工作量獎實現翻番。教代會通過了新的津貼方案，津貼由原來的每月240元調整至480元。校領導作了大量細致的工作。　　2002年12月，該校塑膠運動場招標會正式開標。教室全面改造出新工程通過招標開始施工。　　2003年5月，該校首屆數字節(jié)活動暨新塑膠運動場完工揭幕儀式，市區(qū)教育局、科技局和體育局等領導參加了本次活動。本次活動包括數字作品展覽、數字主題班會和網頁制作評比等。　　2003年7月，2003年中考達省重點人數156人，達老四所人數91人，居同類校前列。　　2003年7、8月，同創(chuàng)計算機學校與初中部正式剝離，同創(chuàng)計算機學校遷址到原華新中學，五十四中學成為初中。　　2003年7月，領導班子變動，原五十四中學書記李念銀同志調離五十四中，由冉冀寧同志擔任校長兼書記，13中原校長助理高建君同志到五十四中任副書記，原華新中學校長傅云生同志任該校副校長，原瑞金路中學孫力同志經公選任該校副校長分管教學工作，原人民中學文武同志任校長助理。李鳴同志擔任教務處主任，張曉愉同志任校辦公室副主任，馮麗同志任德育處副主任兼大隊輔導員，劉明虎任團委書記。　　2003年9月，成立了校射擊隊和與體校聯辦的吃、住、訓一體的田徑隊。　　2003年12月，舉辦首屆體育節(jié)，圓滿成功。　　2003年12月，學校順利通過省級示范初中的驗收。成功通過省現代教育技術實驗校驗收。　　2004年2月原教務處主任李鳴調任教科室主任，張曉愉調任教務處任副主任，劉明虎調任總務處任副主任。　　2004年7月，教務處和德育處合并。朱惠雨任主任。劉平任辦公室主任。2010年9月26日，成功舉辦青奧進校園閉幕式。