南京大學基礎學科教育學院是1998年在基礎學科教學強化部的基礎上成立的，而基礎學科教學強化部則是基于原國家教委關于保護和加強基礎學科的指導精神成立于1989年。強化部實施“以重點學科為依托，按學科群打基礎，以一級學科方向分流，貫通本科和研究生教育”的模式，培養立志獻身基礎學科研究和教育事業的人才。
目前，匡亞明學院中強化部學生和數學基地的部分學生單獨提前招收錄取，天文、中文、歷史、哲學基地班在統一招生中直接錄取，其他學科(基地)(包括物理、化學、生物、地質、地理、大氣和數學(部分))的學生在入學后二次招收。
匡亞明學院將繼承匡校長創新，創造，求實，超越的教育思想，探索適合南京大學學科特點的通識教育模式和在通識教育基礎上的個性化人才培養體系，在實施研究型教學等方面積極實踐，努力培養出的創新型人才。
少年部
1985年:南京大學少年部成立,開始在全國范圍內招收少年大學生。少年大學生在少年部學習2年，不分文理和專業，三年級開始確定專業，分流到全校各院系學習。
基礎學科教學強化部
1989年:南京大學基礎學科教學強化部成立，89年強化部同時招收理科班和文科班，同年還招收了后一屆少年班學生。文科強化班在招收89一屆學生后中斷招生，理科通過推薦和選拔單獨提前招生至今。強化部發展了一套“以重點學科為依托，按學科群打基礎，以一級學科方向分流，貫通本科和研究生教育”大理科培養模式和“多次選擇，逐步到位”的學科分流機制。1993年，南京大學基礎學科教學強化部成為國家理科基礎人才培養基地唯一的“多學科綜合點（大理科試驗班）。教改項目《基礎性人才培養基地的建設》被評為國家級教學成果一等獎。
文科強化班
1995年:在南京大學中文系成立文科強化班，試行文史哲貫通的教學計劃。95、96兩個年級的文科強化班從文史哲三系大一選拔學生組班，97級文科強化班面向全省重點中學通過推薦和選拔考試招生。
基礎學科教育學院
1998年4月:為了進一步推廣強化部的辦學模式，作為南京大學在教學改革方面邁出的新的重要的一步，南京大學組建了基礎學科教育學院。南京大學基礎學科教育學院的成立是培養跨世紀基礎性人才實施的一項重要舉措。基礎學科教育學院涵蓋數理、化生、地科等各基礎理科學科方向，全校七個國家理科基地（物理、化學、天文、生命科學、地質、地理、大理科）大氣校內基地、材料系的一、二年級學生在基礎學院內實施按照學科群組織基礎教學，造成了一種有利于學科交叉的學術氛圍，同時充分發揮了我校基礎學科的整體優勢，為新一代創造性人才的成長提供了良好的培養環境。同時在各相關院系的共同努力下，在大理科的平臺上實施多種人才的分流培養，造就新時代所要求的人才群體。基礎學科教育學院從97級學生開始實際實施，同年中文系文科強化班從96級起并入基礎學科教學強化部。
南京大學匡亞明學院位于漢口路22號南京大學，南京大學匡亞明學院要在面向所有人的終身學習中發揮獨特的作用，在任何時間、任何地點、以任何方式激發人們學習，并助推人的發展。匡亞明學院
2006年4月:南京大學決定將基礎學科教育學院命名為匡亞明學院。在辦學的內涵上，匡亞明學院將在基礎學院原有的基礎上，進一步拓寬教學改革的思路，其培養方式是：按照大文科（包括中文、歷史、哲學）和大理科（包括物
匡亞明像青銅（鼓樓校區）理、天文、化學、生物、地理、地質、強化部、大氣、數學專業）兩大類，各自建設課程計劃，其中設置部分文理通修課程。**年設置大平臺通修課程，第二年按模塊（基地）設置核心課程，第三年為專業核心課程，第四年為選修課程、科研訓練課程和畢業論文。各個模塊（基地）之間的部分核心課程可以替代或覆蓋，鼓勵學生選修多種學科的課程，以從事邊緣學科和交叉科學的研究。而且，將會按照“多次選擇、逐步分流、兼顧各方”的原則，在1、2年級由學院統一組織教學和學籍管理，從3年級開始學生全部分流到各個院系（基礎學科教學強化部仍然保留），由各個院系組織教學和管理，而各個相關院還將根據其學科的特點，建立起一整套在大文科、大理科基礎上的學科培養體系。2006年，上述12個班共486名學生進入匡亞明學院，社會學、政治學專業（社會科學類）的學生計劃在2007年進入匡亞明學院。匡亞明學院將為南京大學推廣實施2+2通識教育模式作全面、穩步的試點。南京大學匡亞明學院位于漢口路22號南京大學，南京大學匡亞明學院要在面向所有人的終身學習中發揮獨特的作用，在任何時間、任何地點、以任何方式激發人們學習，并助推人的發展。基礎學科教學強化部自1989年成立以來，實施“以重點學科為依托，按學科群打基礎，以一級學科方向分流，貫通本科和研究生教育”的模式，精心打造和建設了一批適合大理科教育模式的課程體系，培育出了多門精品課程。通過多年的教學改革實踐，已經培養了一大批人才在基礎學科領域中嶄露頭角。強化部教改的實踐已充分顯示大理科模式在理科本科教育中的先進性，在國內外本科理科教育界產生了較大的影響。
我校1998年4月成立的基礎學科教育學院，在全校各理科基地推廣強化部教學模式，并且開始試點大文科教育模式和教學體系的建設。
2006年基礎學科教育學院以老校長匡亞明的名字命名，由國家基礎科學人才培養基地（物理學、天文學、化學、生物學、地理學、地質學、大理科試驗班、漢語言文學、歷史學基地班）、大氣、數學、哲學、社會學及政治學專業等組成。學院將秉承匡校長育人理念，弘揚匡校長創新、創造、求實、超越的教育思想，力圖將中國高等教育的傳統優點與當代世界高等教育改革和發展的趨勢相結合，致力于在創新本科教育教學、通識教育、學生科技創新、國內外合作培養人才和大學生思想政治教育工作等方面不斷探索創新人才培養模式，使高素質創新人才和拔尖人才脫穎而出。
一、指導思想和培養目標
匡亞明學院培養適應我國社會主義現代化建設實際需要，主要從事基礎學科科學研究和教學工作的高級人才的預備力量，要求學生具有良好的科學素養、人文素養和較寬厚的業務基礎，有較強的創造能力、適應能力和發展潛力。在經過進一步深造后，能夠適應各學科之間日益滲透的發展趨勢和應付世界新技術革命的挑戰，適應“面向現代化、面向世界、面向未來”的要求。這類人才除主要從事基礎學科（邊緣性學科）的教學和科學研究工作以外，還可以在應用學科中發揮重要作用，或在某些多學科性大型研究項目中進行業務組織與協調工作。匡亞明學院在本科教學改革與建設中的總體目標和思路是：
1，加強通識教育，建設文理通修課程，以大師導學，開展全面的科學與人文素質教育。
2，搭建大文科和大理科平臺，堅持多次選擇、逐步到位的模式，造就獨具科學素養的個性化人才。
3，在通識課程和大理科、大文科平臺課程的基礎上，結合學科群模塊課程、專業核心課程和自主選修課程，建立適合多學科培養創新人才的新課程體系。
4，建設一批精品課程與精品教材，著力教學內容的改革，培育具有廣泛影響力的中青年教學名師。
5，大力進行研究性教學的總結和推廣，促進我校本科教學質量的全面提升。
6，探索新世紀人才培養國際化的途徑。
7，依托國家重點學科，在課程貫通的基礎上，實行本研一體化的人才培養。
二、培養規格、培養途徑與課程體系
要求學生系統地、堅實地掌握本學科的基本理論、基本知識和基本技能和方法；受到嚴格的科學思維和科學實驗的訓練；具有一定的本學科的專門知識和處理實際問題的能力，對本學科的發展趨勢及應用前景有所了解；熟練掌握一門外語，能夠順利地閱讀本學科的外文書刊，具有初步的國際交流能力；受到科學研究訓練，具有一定的科學研究能力。
匡亞明學院課程的特色在于覆蓋面寬，適用面廣，貼近學科前沿。學生可以自由選擇主修方向、構筑自己的知識和能力結構。學院認為教育不能過于局限，應當鼓勵學生交叉選課，拓寬知識面，并且培養學生的科學研究意識、科學道德、科學研究能力和潛力是十分重要的。學生入學后可以按“多次選擇、逐步到位”的分流方式來確定修讀的專業方向。科學研究訓練將與理論課程、實驗實踐課程一樣受到重視，學生可以自由選擇研究課題、導師和課題組，包括科學院院士在內的校內外資深教授和年輕學者將應邀作為指導教師，指導學生從事學科前沿的研究工作。這樣一個跨學科的人才培養模式，有利于按照學科群組織基礎教學，有利于造成一種學科交叉的氛圍，有利于營造更好的人才成長環境，有利于發揮我校基礎學科的整體優勢，從而造就新時代所需要的人才群體。
匡亞明學院的課程體系前兩年按照通修大平臺課程和大文科、大理科平臺課程，五大模塊（數理、化學生物、地學、人文和社會科學）核心課程設置，強調各種層次的通識教育。后兩年為專業核心課程和選修課程、科研訓練課程和畢業論文階段。同時各個模塊之間的部分課程可以替代或覆蓋，相鄰階段之間有所交叉，鼓勵學生選修多種學科的課程。在通識教育方面著重強化大文科（語言、史學、邏輯）、大理科（數學、物理、化學兼顧生物）大平臺課程以及計算機和英文訓練。注意各學科領域中知識的連續性和完整性，不偏重于某一專業，使之比傳統單一專業的“專業基礎”更寬厚，為培養個性化人才提供足夠的時間與空間。
三、學院教學改革與建設主要內容
教學改革與建設成功的基礎是建設一批高質量、高水平、具有廣泛影響和富有鮮明特色的精品課程（教材）和課程體系，核心是具有一支結構合理、富有獻身精神和創新能力的教學梯隊，手段是大力進行研究性教學的總結和推廣，標志是所培養出的人才適合于在科學前沿工作與研究，并且在各自領域做出世界的研究成果。鑒于上述考慮，匡亞明學院將充分利用南京大學學科齊全的優勢，認真考慮學科間聯合、交叉、滲透和邊緣學科出現的趨勢，強調擴大知識面。目前設置數理、化生、地學、人文和社會科學五大模塊，包含數學、物理、天文、生物、化學、地理、地質、大氣、中文、歷史、哲學、政治、社會學等十三個一級學科專業分流方向，畢業生大部分將能進入科研機構和高等學校研究生院繼續深造。目前匡亞明學院教學與學籍管理實行2+2模式，課程結構框架如下：打開網頁訪問
四、學生培養與管理
1，招生。
提前招生：強化部和數學基地班。
統一招生：天文學、中文、歷史學、哲學、社會學等專業。
新生選拔：強化部（部分）、數學（部分）、物理學、化學、生物學、地理學、地質學、大氣、政治學專業等。
2，2+2培養與分流模式。
按模塊組織教學，大平臺課程統一組織和安排教學。根據各個基地的特點，方便學生按照自己的需求，采取必修課程與選修課程并行開設的辦法。強化部學生按照現有模式采取大類逐漸分流的辦法選讀相關課程，除大平臺必修課程和大類模塊必修課程外，其他課程均可按照選修課程處理。
教學計劃和學籍前二年由匡亞明學院統一組織和管理。**學年末，學生可以跨模塊或專業流通，人數在各個基地班的20%-30%，另外，各相關院系基地班與非基地班的流通比例也可以在各個基地班人數的20%-30%．第三學年開始，各個專業基地的學生分流到各自院系，并按各自院系的教學計劃組織教學和進行學籍管理。強化部學生仍然留在匡亞明學院，直至本科畢業。
匡亞明學院鼓勵學生積極參與國際交流，推薦學生到國外和港澳地區的高校進行學習、交流。并聘請外籍教師和上課、作學術報告。
匡亞明學院各基地班以30人為基數，在畢業時推薦免試研究生的比例約在60%。另外可以適當提高獎學金授予比例。
3，學生管理
目前學生管理工作由各自院系學生工作組負責，以后將逐步過渡到由匡亞明學院進行前兩年的管理，各自院系負責后兩年的管理工作。
4，學籍
（1）匡亞明學院實行學年學分制，本科階段修業年限為四年。
（2）學生畢業時要求總學分達到150分。其中必修課90學分左右,自主選修60學分左右.
（3）學分績按百分成績用學分加權累計平均計算。
（4）其他按照學校教務處有關學籍管理規定執行。
（5）本科修業期滿，符合學位授予條件者授予學士學位。成績優良者推薦免試進入研究生階段學習。
五、發展設想
1，通過建設高質量的通識課程和大平臺課程，為學生營造多學科共同的學習環境。
2，推進在教學計劃指導下的學分制，積極探索和實踐研究型教學，探索在通識教育的基礎上個性化人才的培養體系
3，建立在文理各學科貫通、國內外本科生教育貫通、本科生與研究生教育貫通的大理科教學計劃和培養體系。
4，培育一批富有鮮明特色的精品課程和精品教材，培育一批在國內外本科教學方面具有影響力的教學名師。
5，建設一批高水平的校內外本科生科研訓練和社會實踐基地的培育和建立。
