1987年建校之初，我院成立了化工系和生化工程系，1996年合并為生物與化學工程系，2006年成立生物與化學工程學院。

目前生物與化學工程學院設有生物工程、化學工程與工藝和食品科學與工程三個本科專業，設有生物工程、食品工藝、化工工藝和精細化工四個專科專業。生物與化學工程學院現有基礎生物學化學實驗中心（無機及分析化學實驗室、有機化學實驗室、物理化學實驗室、儀器分析實驗室、生物化學實驗室、微生物學實驗室、發酵與食品分析實驗室），化學工程技術實驗中心(化工原理實驗室、化工工藝實驗室、精細化工實驗室、生物與化學仿真技術實驗室），生物與食品技術實驗中心（發酵技術實驗室、食品技術實驗室、分離技術實驗室）和一個院內實習實訓基地(發酵生產實習基地)。其中基礎生物學化學實驗中心于2002年通過了省基礎實驗室評估驗收。另外本院還設有化學工程與設備、精細化工、發酵工藝、食品工藝和分析測試五個教研室。

生物與化學工程學院現有專任教師53人。專任教師中具有高級職稱13人（教授4人、副教授9人），占專任教師的24.5%；具有研究生學歷（學位）人員34人（其中博士3人、碩士31人），占專任教師的64%。

目前生物與化學工程學院有三個實驗中心和一個校內實習基地，儀器設備套數為1000余件，儀器設備總價值為500多萬元，占全院實驗設備資產的10%左右。有比較穩固的校外實習、實訓基地，主要是河南天冠企業集團有限公司、河南宛西制藥股份有限公司、南陽普康集團衡育制藥有限公司、南陽普康集團化學制藥廠、南陽張仲景現代中藥發展有限公司等企業。這些校內外實驗和實習基地在應用型人才培養中發揮了極其重要的作用。

自1996年以來，按照學院教育教學改革的精神積極進行教育教學改革，實施素質教育，根據應用培養人才的培養目標進行了以課程體系，教學內容改革為核心的教改實踐，重新確定了本院各專業的發展目標，取得了一些成績，其中化工原理和生物化學兩門課程被授予省級課程，一人次獲得省級教師，三人次獲得南陽市跨世紀學術骨干和南陽市學術技術帶頭人等稱號，近20位學生獲河南省大學生科技作品大賽一等獎或二、三等獎，07年有34名同學考取碩士研究生。本院教師在承擔完成教學教改任務的前提下積極從事科學研究，共完成科研項目50余項，通過省部級以上鑒定近20項，地廳級鑒定30余項，公開出版教材和專著近20部，在CN期刊發表學術論文400余篇。