清華大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)系在1984年恢復(fù)成立，微生物實(shí)驗(yàn)室也在1986年成立。微生物實(shí)驗(yàn)室初期的研究方向是微生物法生產(chǎn)二元酸的工藝技術(shù)研究，主要精力集中在微生物的教學(xué)和實(shí)驗(yàn)室的建設(shè)上。周培謹(jǐn)教授、劉祖同教授和李藝講師、鄭佐興講師、曾榮講師，在實(shí)驗(yàn)室創(chuàng)建期間作出了他們的貢獻(xiàn)，為微生物實(shí)驗(yàn)室后來的發(fā)展打下了良好的基礎(chǔ)。

生物科學(xué)與技術(shù)的快速發(fā)展，也給微生物實(shí)驗(yàn)室提供了機(jī)會(huì)。通過從海外招收杰出人員，生物科學(xué)與技術(shù)系逐漸進(jìn)入了旺盛期。1994年陳國強(qiáng)博士應(yīng)聘從加拿大阿爾伯達(dá)大學(xué)微生物系回來，接替即將退休的劉祖同教授擔(dān)任微生物實(shí)驗(yàn)主任。微生物實(shí)驗(yàn)室也從教學(xué)為主轉(zhuǎn)向科研為主并進(jìn)入了它的快速發(fā)展時(shí)期，從單一的二元酸發(fā)酵發(fā)展到以分子生物學(xué)和基因工程為基礎(chǔ)，工業(yè)微生物學(xué)為支柱，應(yīng)用開發(fā)為終目的的綜合實(shí)驗(yàn)室。固定工作人員包括陳國強(qiáng)教授（長江學(xué)者）、陳金春（副教授）、吳瓊（副研究員）、汪立娟（秘書）和邢慧（后勤）。實(shí)驗(yàn)室的研究人員組成也從單一的微生物專業(yè)人員發(fā)展到有分子生物學(xué)、微生物學(xué)、化學(xué)、化學(xué)工程、高分子科學(xué)和材料科學(xué)等專業(yè)的多學(xué)科隊(duì)伍。研究領(lǐng)域涉及微生物分子生物學(xué)、微生物基因工程、微生物代謝調(diào)控、微生物發(fā)酵工程和下游產(chǎn)品回收技術(shù)開發(fā)。研究課題包括微生物法合成新型材料，手性藥物中間體的微生物合成，微生物合成材料的組織工程應(yīng)用等。培養(yǎng)了許多能掌握從分子生物學(xué)基礎(chǔ)出發(fā)到發(fā)酵生產(chǎn)工藝建立和產(chǎn)品回收等技能的專業(yè)人才。

目前微生物實(shí)驗(yàn)室與本校高分子研究所張?jiān)雒窠淌?、胡平教授、徐軍副教授，本校材料系崔福齋教授、馮慶玲教授合作開展微生物合成的新型高分子材料聚羥基脂肪酸酯pha的應(yīng)用研究，與化工系沈忠耀教授、曹竹安教授、邢新會(huì)教授開展發(fā)酵工藝的優(yōu)化和放大研究，與化學(xué)系的孫素琴教授開展生物分子無損檢測技術(shù)開發(fā)等合作研究。擴(kuò)大了實(shí)驗(yàn)室學(xué)生的視野和知識(shí)面。

從1994年到現(xiàn)在，總共培養(yǎng)5位中外博士后、14名博士生、29名碩士研究生、92名本科生和國內(nèi)外訪問學(xué)者6人，他們在微生物實(shí)驗(yàn)室完成他們的論文和工作，目前部分學(xué)生在國內(nèi)外各個(gè)領(lǐng)域做出了突出的成績。