上海出入境檢驗檢疫局由原上海進出口商品檢驗局、上海動植物檢疫局、上海衛生檢疫局合并組建而成，是國家質量監督檢驗檢疫總局設在上海口岸的直屬機構，由國家質量監督檢驗檢疫總局實施垂直領導。上海出入境檢驗檢疫局擁有國內、門類齊全的檢驗檢疫儀器設備，是一個技術力量雄厚、檢測手段齊全的綜合性檢驗檢疫機構。
上海出入境檢驗檢疫局依據中華人民共和國進出口商品檢驗法及其實施條例、中華人民共和國進出境動植物檢疫法及其實施條例、中華人民共和國國境衛生檢疫法及其實施細則、中華人民共和國食品衛生法對上海口岸出入境旅客、動植物及其產品、進出口商品、運輸工具等實施檢驗檢疫和監督管理。