上海市萌芽實驗中學是上海市教委和浦東新區社會發展局審核批準，由《萌芽》雜志社在上海浦東新區承辦的一所實驗性完全中學（公立轉制）。在浦東新區社會發展局的大力支持和關心下，于2002年5月正式成立，2002年9月1日開學。建校以來，學校始終把教學工作放在首位，加強教學管理，積極進行教學改革，努力為學生營造良好的成長環境。