東臨上海，西靠存瑞中學，面對上大附中。如果說優越的地理環境，優美的新校舍，優良的教學設備是我校大的先天優勢。那么，先進的教育理念，人性化的管理，合理的師資結構，是我校的立足之本。

1999年9月祁連二小在上海市對基礎教育設施整改和祁連房產開發的背景下建立，學校領導班子和教職工大多來源于原祁連中心校及其下屬村校。2000下半年學校開始了“當前形勢下少年兒童科學思想養成”的課題研究，2001年為了使爭章活動更具趣味性、系統性、有效性和可操作性，學校籌建了“少兒科學探索隧道”，開始了新的教育方案的探索和嘗試。這個隧道充分體現了學校以孩子為本、以科學教育為主的理念，是在校少先隊員系列化爭章考章的主陣地。我們旨在通過隧道內的科普特色活動不僅向本校而且也為周圍所有學校學生提供學習科學知識、培養科學精神的基地，終形成特色資源和成果共享的網絡。“少兒科學探索隧道”是學校對兒童進行科學教育和少先隊雛鷹爭章活動的一個重要場所，是學校推行陶行知先生兒童科學教育實踐的窗口，我們致力把它辦成科學知識學習的園地、科學能力運用的陣地、科學精神培養的基地，使之真正成為“行以求知知更行”的樂園。2002年“少兒科學探索隧道”被命名為“英特爾上海市青少年科普教育基地”。

學校特色教育研究在區進修學院教科室的指導幫助下，取得了長足的進步。2002年“科學探索隧道系列爭章活動”被評為寶山區科技活動二等獎、組織獎和“第十界上海市青少年創新大賽”科普活動三等獎，“暢想二十一世紀——少先隊科普讀書活動”被評為上海市先進集體，文匯報、解放日報、上海科技報、寶山報、上海教育、上海輔導員雜志等多家媒體對我校特色教育相繼作了報道，年底學校被華東師范大學祝智庭教授領銜的“十五期間國家重點課題”組授予“現代信息技術理論與實踐實驗基地”稱號。