南澳縣第二中學校址為原隆東中學校址，1998年8月由原后宅鎮中學、隆東中學合并而成，定名為南澳縣后宅鎮**中學，屬后宅鎮鎮管的初級中學。1999年5月劃為縣直屬學校，并更名為現校名即南澳縣第二中學。

學校領導班子職責分明，團結協作，廉潔奉公，科學管理，工作效率較高。現有行政班子成員14人，其中正副校長4人，設有校長室、教導處、政教處、總務處、團委會。班子成員學歷全部合格，均取得中級或中級以上職稱，熟悉教育教學工作，有較強的事業心和責任感，能夠做到各司其職，團結協作，以身作則，帶頭艱苦奮斗，勤奮敬業，廉潔奉公，在全體教職工中能起模范帶頭作用，享有較高威信，是一個比較強有力的領導集體，在學校各項工作中發揮著重要作用。