沈陽市第九十九中學位于風光旖旎的南運河畔，占地面積16500平方米，建筑面積共8846平方米。2003年7月被列為沈陽市22所初中改革試點校。一項政策盤活一所學校。2003年沈陽市教育局出臺薄弱校改造政策奏響義務教育均衡發展的序曲，同時學校被列為22所改革試點校之一。先進理念引領成功。學校在改革發展過程中堅持“一切為了學生的終身發展和未來幸福奠定堅實的基礎”的辦學理念。遵循一年夯實基礎內涵發展，兩年培植亮點全面提升，三年辦出特色創建的發展策略。在市區的正確領導下，在校領導班子先進理念的指導下，全校教師的教育教學理念，學生的精神面貌發生巨變。硬件促進發展。學校被列入22所改革校后，在市區校的大力投入下，完成硬件改造的“三新一亮”工程和“五新一綠”工程，學校鋪設塑膠操場，增設多功能教室，重新裝修教學樓，實現班班有電腦、大屏幕、實物投影，圖書館管理電子化。三年來市區總計投入600多萬元。師資雄厚夯實基礎。學?，F有教師110人，市區骨干教師學科帶頭近30人，高級教師34人，研究生學歷8人，先后有10余名教師在國家、省、市級公開課競賽中獲獎。教師撰寫的論文近500篇先后在全國省市區獲獎。三年來，學校通過內強素質外樹形象，走內涵發展之路，形成師德高尚、業務精湛、工作**的教師群體。

特色管理屢創輝煌。學校樹立以人為本，重在提高學生素質教育的辦學理念，提出：一切為了學生的終身發展和未來幸福奠定堅實基礎。學校強化學生養成教育，夯實學生做人基礎，從行、走、坐、臥入手，糾正學生一切不良習慣，加強意志品質的磨練和理想教育。通過三年的改革，學校教育教學質量大幅度提高，有80多名學生在全國、省、市的數學、英語等競賽中獲獎，在市級以上開展的體育、美術、書法、演講、舞蹈、音樂、科技、發明等各種比賽中，有400多人次獲得各種獎勵。學校女足獲得市冠軍，大課間獲市先進單位，學校的音樂劇《不去不行》獲市節目獎。

在連續三年的中考中，學校的成績穩步提高，取得了讓家長、社會滿意的效果。學校的社會聲譽在不斷的提高，通過小班化教學和外語分層教學達到上升到06年的88%，2004年總平均分高于往年30多分，升入重點的人數達130多名；2005年中考三分之一學生升入省級重點高中，三分之二學生升入省級、市級重點高中，5名學生升入省實驗、二中；2006年中學有分層、有選擇、無淘汰，學生整體提高的目的。學生的成績逐年大幅度上升。中考報名率由03年的74%考二分之一多的學生升入省級重點高中，近90%的學生升入省市級重點高中，總平均分在全市近90所初中排名第二，英語和政治學科全市排名**。2007年學校升入省市重點高中再次提升一個百分點。學校教學水平在保持強勁發展勢頭的同時，提出有效教學理念，短時**提高課堂效率，確保教學成績可持續發展。學生家長由改革前的怕分到九十九中學到現在改革后的怕分不到九十九中學。

學校的改革工作先后多次被《中國教育報》、《遼沈晚報》、《沈陽晚報》、《沈陽日報》、《遼寧日報》，遼寧電視臺、沈陽電視臺等各大主流媒體競相報道。教育部副部長田淑蘭、文化部原部長劉忠德、教育部原副部長韋鈺，省委副書記王唯眾，沈陽市市委副書記劉迎初，市政府副市長王玲先后到學校視察工作，介紹，市人大領導班子先后到學校參觀，對學校的改革工作予以高度評價。學校先后獲得《市體育工作先進單位》、《和平區標兵單位》、《區“三八”紅旗單位》、《區五、四獎狀》等50多項榮譽。