溫州醫科大學基礎醫學院在溫州醫學院成立初由基礎醫學教研室組成，1984年學校正式成立基礎部，2000年院系調整，組建基礎學院，之后經過一系列改革，于2005年正式命名為基礎醫學院，實行基礎醫學院建制。

學院設法醫系及8個教研室；2個教學中心（機能實驗中心、基礎醫學實驗中心）和法醫學專業實驗室；4個研究所（分子病毒與免疫學研究所、食源性疾病安全研究所、低氧醫學研究所、生物支架移植與免疫研究所）。

學院有教職員工122人，專業教師及實驗技術人員112人（含學院領導、師政系列共5人），其中：專任教師97人（含：教授16人，副教授30人，講師46人，副高以上職稱比例為47.42%；具有博士學位者26人（另有在讀博士17人），碩士學位者48人，研究生學位比例為76.28%）；實驗系列專技人員15人（含：高級實驗師4人，副高以上職稱比例為26.67%；具有碩士學位者6人，研究生學位比例為40.00%），總副高以上職稱比例為44.64%，總研究生學位比例為71.43%。

學院于1980年代開始招收基礎醫學碩士研究生，現有一級學科（基礎醫學）碩士點1個，二級學科碩士點9個（病理學與病理生理學、病原生物學、免疫學、人體解剖學與組織胚胎學、生理學、核醫學、法醫學、放射醫學、醫學生物化學）；已培養全日制研究生60人，在校全日制研究生58人。學院于2002年開始招收法醫學五年制本科生，為浙江省內唯一設立該專業的學院。

在院領導及全院教職工的共同努力下，學院教學、科研工作發展迅速。有省級精品課程5門（《醫學微生物與免疫學》、《組織學與胚胎學》、《病理生理學》、《SystemicAnatomy》、《醫學機能學》）；有市級精品課程5門（《人體解剖學》（高職）、《生物化學》、《病原生物學（專科）》、《人體斷層解剖學》、《系統解剖學》）；有校級精品課程4門（《生理學》、《寄生蟲學》、《核醫學》、《法醫病理學》）；目前基礎醫學院主干課程均已成為校級以上精品課程。學院現有浙江省重點建設教材5部，主編人衛規劃教材1部（成人教育），高教規劃教材3部。

基礎醫學為浙江省級重點學科，生理學為浙江省高校重點學科（A類）、病原生物學為溫州市重點學科。學院現有在研國家自然科學基金、973子項目等國家級課題8項、省自然科學基金等省部級科研項目27項，每年新增科研縱向經費約260余萬。

經過50年的發展，基礎醫學院擁有了先進的教學設施、雄厚的科研和師資力量，已成為浙江省法醫學人才培養的主要基地和基礎醫學教學、科研的重要基地。