溫州醫科大學體育科學學院是溫州醫科大學下屬的二級學院，成立于2007年7月，與溫州醫科大學體育部合署辦公，下設運動人體科學系、大球教研室、小球教研室、體操教研室、綜合教研室，公體教學中心、群體中心、競賽與訓練中心、科研與體質測試中心、場館服務中心，承擔著學校體育教學、群體、競賽、訓練、服務及運動人體科學專業建設等工作。目前學院有教職工41名，教授2名、副教授7名，博士2名，浙江省“151”人才工程培養人員第三層次1名，溫州市“551”人才工程培養第二層次人員2名、第三層次2名，擁有國家級裁判和國家級指導員6名，師資結構合理，層次分明，為學院的發展奠定堅實的基礎。

溫州醫科大學體育科學學院全面貫徹黨的體育教育方針和政策，積極推行體育教學改革，大力開展全民健身活動，在體育教學、運動競賽和運動人體科學專業人才培養等方面進行了積極地探索，為學校培養德、智、體全面發展的高素質人才做出了應有的貢獻。學校于1993年和2002年先后承辦第八屆、第十一屆浙江省大學生運動會，取得了圓滿的成功，溫州醫科大學運動員在歷屆省大運會上曾獲得多項優異成績。2004年學校獲得“浙江省高等學校體育”貢獻獎；2007年在《浙江省高校貫徹體育工作條例》評估中獲得。2006年體育科學學院被溫州市評為“創建學習型組織”先進班組；2010年被評為校“三育人”先進集體；2011被評為校“就業工作”先進集體。目前學院擁有設施齊全的體育場館10余萬平方米和投資300余萬建立的運動人體科學教學實驗中心。教研相長是促進學院教學水平、科研實力提升的有力手段。學院教師在“十一五”期間共承擔國家科技部課題2項、省部級科研課題3項、市廳級科研課題20余項；在國內學術期刊發表學術論文近200余篇，其中核心期刊發表30余篇，并有一批學術論文入選國內外學術論文報告會進行學術交流，受到同行學者肯定。學院在“十二五”期間大力發展公共體育教育，積極扶持運動人體科學專業，形成公共體育教學與專業教學相輔相成、相互促進的良好局面。