前身位于廣東省肇慶，1950年因戰亂而停辦，直至1955年由葡國耶穌會會士戈振東神父在澳門復辦。現時海星中學與澳門利瑪竇中學同屬耶穌會所管理。每年的十二月八日為該校在澳的建校紀念日。其在澳門教育暨青年局注冊的校部編號分別是004（正校）和005（分校）。

20世紀初，耶穌會在葡萄牙的會士應天主教澳門教區主教邀請派遣會士往中國高要縣傳教。耶穌會秉承推廣本地文化與基督福音整合之精神，于1917年，在廣東省肇慶府創辦海星中學教育青少年；1950年，因戰亂及政治形勢而停辦。

1995年，耶穌會會士戈振東神父等輾轉去到澳門，目睹澳門經濟蕭條及接觸無數貧困家庭，遂于澳門高樓街復辦海星中學，為貧苦失學兒童提供基礎教育。及至1959年，戈振東神父奉調返葡萄牙，譚志清神父接任海星中學校長。1964年及1974年，海星中學于圣若瑟修院內增設初中部及高中部。1975年7月，教區主教指派教區司鐸劉志超神父出任副校長。

1995年，在高樓街原小學進行拆建，建立了現時的新中學部，至此，海星中學乃逐漸成為一所完整的中學，并附設小學及幼稚園。1997年，由于具備初中程度的在職或失業人口眾多，譚神父再度秉承耶穌會的辦學精神，開辦夜中四、中五及中六課程。

2002年7月，譚志清神父退休，蔡梓瑜出任第三任校長。2003年5月，耶穌會委托海星中學，開辦海星教育資源中心；并于2004年2月開辦成人教育部。