2003年，雁山區實行機構改革，雁山區教育局與科技局合并，成立雁山區教育科技局同年，撤銷鄉鎮教育管理委員會及其辦公室（鄉鎮文教辦），雁山區轄中小學校由雁山區教育行政部門直接管理，實施“以縣（區）為主”的農村義務教育管理體制，雁山區始終把基礎教育放在優先發展的地位，堅持“科教興區”戰略，積極謀劃教育發展規劃，鞏固提高“兩基”和“普實”成果，全面實施素質教育，努力提高辦學水平。2005年，榮獲“桂林市中小學實驗教學先進單位”稱號；2007年，順利通過國家“兩基”驗收；2008年，榮獲自治區“規范收費示范縣（區）”稱號；2009年，通過市級“兩基”復查抽查驗收；2010年，通過自治區“義務教育學校常規管理達標縣（區）”評估驗收，同年，被評為“廣西農村中小學財務管理規范市級規范縣（區）”；2012年，被列為桂林市義務教育均衡發展和學生營養改善計劃試點；2014年，通過市級義務教育發展基本均衡縣（區）評估復核；2015年，通過自治區級義務教育發展基本均衡縣（區）評估復核。
　　站在歷史的新起點，展望未來，雁山教育將繼續堅持高舉鄧小平理論和“三個代表”重要思想偉大旗幟，全面貫徹落實科學發展觀、“四個全面”戰略布局和黨的教育方針，抓住桂林國際旅游勝地和雁山“三區兩帶”建設發展機遇，創新工作思路，改善辦學條件，提升教育內涵，優化學校布局，整合教育資源，提高教師隊伍素質，不斷滿足全區人民群眾對教育的需求，努力辦好人民滿意的教育，促進雁山教育全面、科學、持續發展。