2003年,雁山區實行機構改革,雁山區教育局與科技局合并,成立雁山區教育科技局同年,撤銷鄉鎮教育管理委員會及其辦公室(鄉鎮文教辦),雁山區轄中小學校由雁山區教育行政部門直接管理,實施“以縣(區)為主”的農村義務教育管理體制,雁山區始終把基礎教育放在優先發展的地位,堅持“科教興區”戰略,積極謀劃教育發展規劃,鞏固提高“兩基”和“普實”成果,全面實施素質教育,努力提高辦學水平。2005年,榮獲“桂林市中小學實驗教學先進單位”稱號;2007年,順利通過國家“兩基”驗收;2008年,榮獲自治區“規范收費示范縣(區)”稱號;2009年,通過市級“兩基”復查抽查驗收;2010年,通過自治區“義務教育學校常規管理達標縣(區)”評估驗收,同年,被評為“廣西農村中小學財務管理規范市級規范縣(區)”;2012年,被列為桂林市義務教育均衡發展和學生營養改善計劃試點;2014年,通過市級義務教育發展基本均衡縣(區)評估復核;2015年,通過自治區級義務教育發展基本均衡縣(區)評估復核。
站在歷史的新起點,展望未來,雁山教育將繼續堅持高舉鄧小平理論和“三個代表”重要思想偉大旗幟,全面貫徹落實科學發展觀、“四個全面”戰略布局和黨的教育方針,抓住桂林國際旅游勝地和雁山“三區兩帶”建設發展機遇,創新工作思路,改善辦學條件,提升教育內涵,優化學校布局,整合教育資源,提高教師隊伍素質,不斷滿足全區人民群眾對教育的需求,努力辦好人民滿意的教育,促進雁山教育全面、科學、持續發展。