南京大學現代工程與應用科學學院[1]從2009年開始籌建，2009年12月30日掛牌，2011年5月，工學院大樓（鎮江樓）在仙林校區奠基。工學院將以南京大學物理、化學、材料等物質科學學科為基礎，以南京微結構國家實驗室（籌）為重要依托，抓住新產業革命的歷史機遇，針對國家需求和學科前沿，針對國家目標和地方經濟建設需求，揚長避短，發展現代工程技術，盡快占領新一代朝陽產業的“制高點”，發展具有鮮明特色、面向未來的新型工程與應用科學學科。 2011年10月10日上午，南京大學現代工程與應用科學學院全面啟動，標志著學校在現代工程學科發展邁開新的一步，在南大發展史上揭開嶄新一頁。
2012年5月20日，南京大學舉行第四屆校董會第四次會議暨110周年校慶捐贈儀式，南大歷史系教授、著名企業家楊休為母校捐出4億元，其中3億用于建設現代工程與應用科學學院，[2]支持現代工程與應用科學學院的發展，培養中國當代發展需要的現代工程師。
南京大學現代工程與應用科學學院是在南京大學材料科學與工程系的基礎上組建成立的，于2009年12月30日正式掛牌成立。
南京大學現代工程與應用科學學院以南京大學物理、化學、材料等物質科學學科為基礎，以籌建中的南京微結構國家實驗室為重要依托，針對國家需求和學科前沿，搶占新一代朝陽產業發展的制高點，發展具有南大特色的新型工程學科；通過長期不懈努力，把南京大學現代工程與應用科學學院建設成為國內，具有國際影響的人才培養基地、現代在工程研究基地、應用成果開發基地。
目前南京大學現代工程學院已經正式進入全面建設的發展階段,學院將面向國家重大需求和江蘇發展戰略新興產業的需要，確立“以理為基礎、工為方向、理工融合，發展現代工程學科”的道路，圍繞新材料、新能源、信息產業、生物技術等應用領域開展學科建設、人才培養和服務社會的工作。學院建立四個有特色的專業系科：材料科學與工程系、量子電子學與光學工程系、清潔能源科學與工程系以及生物醫學與工程系。學院還成立了一批交叉學科或專業性研究開發中心,如南京大學再生能源與環境研究中心，南京大學光伏工程研究中心，南京大學光學與光學工程研究中心,南京大學－南通新材料技術研究院，南京大學－宿遷涂層材料研究室等。學院還與一些高技術企業，如海力士（中國）半導體公司、Rohmhass公司建立了合作研究和人才培養的密切聯系。
目前學院已擁有材料物理與化學二級國家重點學科，材料科學與工程江蘇省一級重點學科；擁有一個“基金委創新團隊”和兩個“教育部創新團隊”；擁有材料科學與工程、光學工程兩個國家一級學科博士點；擁有材料工程、光學工程兩個工程碩士學位授予權；擁有材料物理、材料化學、再生能源、光電信息工程四個本科專業,形成了從本科生至博士后完整的人才培養體系。學院每年向國家和江蘇輸送近200名基礎好,具有創新能力的畢業生,其中本科畢業生120名，博士和碩士研究生70名，畢業生的就業率接近100%。
學院現有一支包括中國科學院院士，國家“千人計劃”教授，教育部長江學者特聘教授，國家杰出青年基金獲得者，教育部新世紀人才在內的高水平人才隊伍，學院正在積極從國內外引進具有國際化視野和現代工程背景的高水平學者充實教師隊伍。計劃到2020年，學院達到120名教授、副教授的規模。
學院建設的目標是：以引領現代工程和產業的創新和發展為己任，為后摩爾時代的信息產業、后化石能源的新能源產業和人類迫切需要的提高人們健康水平的生物醫學產業，提供新一代的技術，成為經濟發展具活力的創新之源；培養基礎扎實、富于創新精神更多更好的創新人才，成為現代工程應用和發展的設計師和工程師培養的重要基地；為國家、江蘇和企業提供技術支持，成為服務社會的基地；為建設創新型國家、為在江蘇實現“兩個率先”發揮重大作用。[3]
2011年10月10日上午，南京大學現代工程與應用科學學院全面啟動儀式在科技館報告廳舉行，校黨委書記洪銀興，校長陳駿，南京大學校長特別顧問、美國工程院何志明院士，中研院院士王寬，世界著名知識產權律師李兆陽，美國華盛頓大學生物醫學工程系高虓虎教授，天地集團董事局主席楊休，北京大學工學院院長、北京大學研究生院院長陳十一，鎮江市委常委、鎮江新區工委書記李小平，以及我校中科院院士閔乃本、張淑儀、祝世寧、鄭有炓、孫義燧、陳洪淵，中國工程院院士張全興，副校長潘毅，南大工科戰略發展委員會委員、副校長呂建，省市相關單位負責人等出席儀式。會議由張榮常務副校長主持。
陳駿校長宣布學院全面啟動并宣讀院長任命書，與工學院新任院長聶書明簽署了現代工程與應用科學學院發展規劃任務書。
呂建副校長、何志明院士、陳十一院長、李小平書記等在會上發表講話，表達了對南大工學院未來發展的美好期許。
聶書明院長做首場工作報告。他介紹了工學院的院系、中心設置和大樓硬件建設情況，描繪了學院在師資隊伍建設、學科建設、科學研究、國際化等方面的一系列發展藍圖，旨在建設一所世界、新體制、高起點、高標準的現代工學院。目前，工學院已建有材料科學與工程系，是二級學科國家重點學科；成立了量子電子學與光學工程系，由首批“千人計劃”獲得者肖敏教授擔任系主任；籌建中的生物醫學工程系由聶書明院長兼任系主任；新能源工程系也將擇時啟動建設。據悉，聶書明教授是美國Emory大學和喬治亞理工學院生物醫學工程系杰出講席教授，并兼任化學系、材料科學和工程系、血液學和腫瘤學教授。2005至今,任Emory-GeorgiaTech癌癥納米中心主任、首席科學家和Winship癌癥研究所副主任。2010年，我校專門成立了以何志明院士領銜的院長遴選委員會，大膽創新干部與人才選拔機制，在**范圍內招聘工學院院長。在美國生活了27年的聶書明教授欣然回國、加盟南大。
洪銀興書記作總結發言。他說，早在2009年的黨代會上，學校黨委提出，在今后五年，我們要在學科布局和結構優化方面有新思路、新舉措，打造新的增長點。要在保持并強化現有文、理科優勢和特色的基礎上，通過理科向工科延伸,重點扶持和支持現代醫學和現代工程技術等學科的建設和發展，使這些學科取得突破性的進展，增強學校的綜合實力和可持續發展能力，努力打造形成“文理工醫協調發展”的戰略格局。今天，工學院的創建，正是落實我校進一步優化學科結構，努力建設世界大學的戰略性舉措。洪書記表示，作為南京大學工科發展和機制創新的戰略性環節，學校黨委和行政將一如既往地關心支持現代工程與應用科學學院的建設，在人、財、物等多方面進一步加大投入力度。
本系依托于南京大學已有的基礎學科人才培養的優勢，以及在固體微結構物理國家重點實驗室基礎上形成的在功能材料方面研究的積累,建立了根據綜合性院校材料科學人才培養發展的需要，建立了本系材料物理與材料化學兩個專業的教學體系。確立了：“重視數、理、和化學基礎，強調材料科學的基礎理論，注重實驗技能培養的教學體系；以培養學生在材料科學領域，特別是功能材料領域中，從事材料設計、材料制備、材料表征和材料性能幾方面研究和應用工作的創新能力和實踐能力”的教學思想和培養目標。形成了以學科前沿研究帶動人才培養，以教學研究促進學科發展的模式。在課程設置上一方面秉承南京大學在數理基礎理論和基礎實驗教學方面的深厚積累，同時大力開展專業基礎課和專業課的建設，注重學科交叉，強調光電子技術基礎和材料微結構與性能之間的相互關系，逐步建立了包括材料科學與工程導論、材料物理、材料表征、光電子學、薄膜工藝、材料科學進展等涵蓋材料科學的基礎理論、技術應用以及發展前沿的完整方面的課程體系，形成了以基礎性、先進性和實用性為標志，包含材料制備、加工處理、結構表征和性能測試諸方面的專業教學實驗室體系。在理論和實驗課程教學中，積極鼓勵學生參與教師的學術研究，使學生盡早接觸材料科學研究的前沿。這種基礎理論、實踐能力和創新能力并重的教學模式，使學生在先進功能材料，特別是光電功能材料的設計、制造和應用方面受到了良好全面的訓練，具有寬廣的發展潛力。在本科教學的基礎上，研究生培養與學科建設亦獲得了很大的發展，相繼建立了“材料物理與化學”、“材料學”等工學博士點與碩士點，培養了一批高素質的材料學科碩士和博士，取得了一批受到同行矚目的研究成果。 自1993年成立以來，取得了3年一大步的大發展：1994年獲材料物理學士學位授予權；1997年獲得材料物理與化學工學碩士點；2000年獲得材料物理與化學工學博士點;2005年，本學科成為江蘇省重點學科，2007年本學科成為國家重點學科。材料科學與工程系現有材料物理與材料化學兩個本科專業，每年招收本科生100余人。并建有材料物理與化學和材料學工學碩士點和博士點，每年招收碩士和博士研究生近40人。目前，人才培養的規模仍在穩步發展中。材料科學與工程系主持了兩屆全國高等學校材料物理與化學教學指導委員會的工作，對理科綜合性院校的材料科學學科建設起了示范和指導作用，在國內外產生了一定的影響。[4]
