2003年12月，該系更名為土木工程系，并與新成立的建筑學(xué)系等隸屬于船舶海洋與建筑工程學(xué)院。上海交通大學(xué)土木工程系現(xiàn)有本科專業(yè)為土木工程，已連續(xù)三次通過國家建設(shè)部的專業(yè)評估，教學(xué)特色是力求培養(yǎng)“復(fù)合型”、“寬厚型”和“外向型”人才，在重視基礎(chǔ)性知識學(xué)習(xí)的同時，特別強(qiáng)調(diào)外語、計(jì)算機(jī)應(yīng)用和經(jīng)濟(jì)管理能力的培養(yǎng)。本科畢業(yè)生獲工科學(xué)士學(xué)位。

土木工程系已設(shè)立的碩士點(diǎn)專業(yè)包括巖土工程（081401）、結(jié)構(gòu)工程（081402）、防災(zāi)減災(zāi)工程及防護(hù)工程（081405），其中結(jié)構(gòu)工程專業(yè)于2003年獲得了博士學(xué)位授予權(quán)，巖土工程2005年獲得了博士學(xué)位授予權(quán)。2007年巖土工程被評為上海市重點(diǎn)學(xué)科。2009年建立土木工程博士后科研流動站。2011年獲土木工程一級學(xué)科博士點(diǎn)。本學(xué)科結(jié)合國家與上海市的重大工程建設(shè)，圍繞土木工程建設(shè)，承擔(dān)了大量高水平的科研項(xiàng)目，2009年科研經(jīng)費(fèi)近2000萬元。在國家“211”和“985”工程建設(shè)項(xiàng)目支持下，引進(jìn)了包括“千人計(jì)劃”學(xué)者、“青年千人計(jì)劃”學(xué)者和特別研究員在內(nèi)的一批人才，土木學(xué)科師資力量、實(shí)驗(yàn)條件、教學(xué)科研等方面取得較大發(fā)展。如近3年在研國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目近50項(xiàng)，專任教師人均近1項(xiàng)。2010年來，土木工程領(lǐng)域SCIE論文發(fā)表量已進(jìn)入**高校前40名，且在影響因子前25%期刊的發(fā)表論文數(shù)量躋身**高校前30名。2012年度QS世界大學(xué)排名（The2012QSWorldUniversityRankingforLawLists）上海交通大學(xué)土木工程學(xué)科再度入圍土木工程領(lǐng)域世界百強(qiáng)。這也是連續(xù)第二年進(jìn)入世界百強(qiáng)。該排行榜數(shù)據(jù)顯示，2012年度我校土木工程學(xué)科位列世界第51名~100名區(qū)段，居中國大陸地區(qū)第2名。2015年度QS世界大學(xué)排名（The2012QSWorldUniversityRankingforLawLists）上海交通大學(xué)土木工程學(xué)科世界排名29，國內(nèi)于同濟(jì)大學(xué)。

土木工程學(xué)科現(xiàn)有科研機(jī)構(gòu)有：巖土力學(xué)與工程研究所（葛修潤院士任所長），空間結(jié)構(gòu)研究中心（董石麟院士任主任），結(jié)構(gòu)工程研究所（趙金城教授任所長），安全與防災(zāi)工程研究所（陳龍珠教授任所長），土木工程與建筑實(shí)驗(yàn)中心等。

著名教授有葛修潤（院士）、董石麟（院士）、劉西拉等。

系主任：沈水龍副系主任：王建華、滕念管