辦學方針：以鄧小平“三個面向”為指導思想，全面貫徹黨的教育方針，大力推進以創新精神和實踐能力為核心的素質教育，培養德、智、體、美、勞等全面發展的“四有”新人。

辦學目的：為基礎教學改革和發展提供試驗基地，探索培養新世紀人才的教育教學模式）創造現代化教育的辦學模式）創造現代化教育的辦學經驗。

三年內，力爭把北京師范大學南山附屬小學、中學辦成深圳市名校，即：校園優美、設備先進、校風良好、師資雄厚、管理科學、質量的學校。北師大南山附屬學校將努力做到優質教育與特色教育相結合，將為每位學生提供好的學習機會，大限度地開發學生潛能，并就學生的思想品德，科學素質，知識素質，心理素質，身體素質和審美能力和形象思維能力作好全面的開發與培訓。北師大將為應屆高中畢業生投放到一定數量的保送生指標。并努力辦出自己的特色。

學校在分層次系統實行“個性化素質教育”的基礎上，主要體現：四大特色：數理教育特色：開辦各層次數學奧林匹克班，開展數學競賽，培養學生抽象思維能力，辦好四個層次學校的“學生數學樂園”。

藝術教育特色：發揮北師大藝術學院的優勢，與歌舞團合作，成立少兒藝術團，培養學生的審美能力和形象思維能力。特別要把幼兒園、小學辦成“’藝術幼兒園”、“藝術小學”，組建高水平的“少兒藝術團”。英語教學特色：聘請國內、外知名的外語教師任教，強化英語教學。培養生的語言表達能力，在初、高中辦好“學生外語角”。

信息化教育特色：適應網絡時代對人才的要求，建立現代視窗，并運用多媒體及網絡技術與課堂教學的整合，培養學生的動手能力，建設好四所學校的校園網，并與教育部與北師大聯辦的中國基礎教育網（中基網）進行聯網，推全面實驗教學，全面提高學生信息技術能力，北師大網絡學院向南山區投放大學學歷教育名額，擴大學生大學入學率。