學校早是租書院弄劉撫院的房子，學生增多后于城東蘇家弄將軍橋購地自建校舍50間。

1952年，私立輔仁中學由國家接辦，更名為“無錫市第二中學”。

1979年1月，經省市有關部門批準，“二中”與“東林小學”合并，更名為“東林學校”。1982年“二中”與“東林小學”分離。同年市二中被確定為江蘇省重點中學。

1992年，市二中新校舍落成，學校從東門原址搬遷至南門沁園新村146號新校舍。同年，二中停招初中新生，成為高級中學。

1994年二中邀請部分輔仁——二中校友會代表創辦新的無錫市民辦輔仁中學，招收小學畢業生。

1997年二中成為無錫市首批教育現代化示范學校。1998年學校隆重慶祝校慶80周年。同年，二中通過國家示范高中的省級驗收。

2000年9月民辦輔仁中學從二中遷入與二中一墻之隔的新校舍。同年二中創辦實驗分校，招收兩個高中實驗班。實驗分校在民辦輔仁中學新校舍掛牌。2003年3月二中恢復輔仁老校名。

在江南人的心目中，輔仁--二中是一所人才輩出的名校，學界泰斗錢鐘書先生、宇航學家唐鑫源先生等國際著名人士都曾就讀于該校；中國科學院、工程院有十一名院士先后畢業于該校。北京大學校長許智宏先生系該校59屆校友。

無錫市第二中學于2003年復名為“輔仁”，現在叫做無錫市輔仁高級中學，是一所四星級的高級中學。