秣陵中學(xué)創(chuàng)建于1952年10月，初創(chuàng)時(shí)借用龍都楊柳村朱氏莊園上課，故稱“江寧縣楊柳初級(jí)中學(xué)”。當(dāng)時(shí)招收初一兩個(gè)班100名學(xué)生，并從江寧縣初級(jí)中學(xué)調(diào)撥初二一個(gè)班43名學(xué)生，校長(zhǎng)由江寧縣教育科長(zhǎng)嚴(yán)克群兼任，共有教職工15名。開(kāi)辦不久任培源調(diào)入學(xué)校任教導(dǎo)主任，同時(shí)江寧縣政府決定選擇秣陵關(guān)橋北戲臺(tái)舊址籌建新校，并派學(xué)校總務(wù)主任王鑒非到秣陵關(guān)負(fù)責(zé)籌建。1953年4月陳木齋調(diào)入學(xué)校任校長(zhǎng)，同年8月學(xué)校搬遷到秣陵關(guān)，定校名為“江寧縣秣陵關(guān)初級(jí)中學(xué)”。由于社會(huì)需要，原初二43名學(xué)生學(xué)校搬遷時(shí)提前畢業(yè)。1953年暑假招收初一4個(gè)班近200名學(xué)生。當(dāng)時(shí)的祿口、秣陵、陶吳等小學(xué)、初中補(bǔ)習(xí)班調(diào)整合并到秣陵關(guān)中學(xué)，故初二有4個(gè)班約180名學(xué)生。學(xué)校除初建的校舍外，還征購(gòu)和租賃了許多民房，作為學(xué)生和老師的宿舍。
　　到1955年學(xué)校占地面積逐步擴(kuò)大到近百畝，有大操場(chǎng)、小操場(chǎng)、有池塘。用毛竹構(gòu)建了草棚大禮堂，編織了竹籬笆圍墻。并在校內(nèi)大興土木，建設(shè)包括教室、宿舍、實(shí)驗(yàn)室等設(shè)施，為學(xué)校各項(xiàng)工作的開(kāi)展提供了有利條件。
　　為了全面貫徹黨的教育方針，在陳木齋校長(zhǎng)的領(lǐng)導(dǎo)下，組織開(kāi)展了學(xué)科小組、文娛體育、勞動(dòng)建校、勤工儉學(xué)等一系列活動(dòng)。文娛活動(dòng)轟轟烈烈，周末有晚會(huì)，有定期文娛表演；課外活動(dòng)，球場(chǎng)上師生共打籃球，熱鬧非凡；操場(chǎng)上文體活動(dòng)生龍活虎，舞蹈翩翩，歌聲飛揚(yáng)。一片朝氣蓬勃的景象呈現(xiàn)在校園。建校時(shí)橋北戲臺(tái)拆除后，地面坑坑洼洼，遍地碎磚破瓦，經(jīng)過(guò)兩年的勞動(dòng)建校填平了地面，用磚鋪筑了四通八達(dá)的校園道路，種植了各種花草樹(shù)木，綠化、美化、香化了學(xué)校。在勤工儉學(xué)方面，開(kāi)辟了養(yǎng)豬場(chǎng)、養(yǎng)雞場(chǎng)和蔬菜種植基地，這些養(yǎng)殖種植的收獲全部用于改善師生生活。
　　以教學(xué)為中心始終是任培源主任的主導(dǎo)思想，他嚴(yán)格要求自己，嚴(yán)謹(jǐn)治教。他十分強(qiáng)調(diào)教師的師德建設(shè)和表率作用，并嚴(yán)格予以要求。他對(duì)學(xué)生“良好的道德品質(zhì)和嚴(yán)格的組織紀(jì)律”的培養(yǎng)和造就緊緊抓住不放。他組織教室開(kāi)展一些列的教學(xué)活動(dòng)和研究，教學(xué)成果非常顯著。1955年、1956年兩屆畢業(yè)生絕大多數(shù)考取了普通高中和中專學(xué)校，1956年還為江寧縣中、溧水縣中、句容師范免試保送了21名畢業(yè)生。
　　1956年任培源被任命為副校長(zhǎng)，1957年陳木齋調(diào)秦淮中學(xué)任校長(zhǎng)，他雖然離開(kāi)了秣陵中學(xué)，但他為秣陵中學(xué)全面發(fā)展、校容校貌建設(shè)、校風(fēng)教風(fēng)學(xué)風(fēng)建設(shè)做出了貢獻(xiàn)，為秣陵中學(xué)的以后發(fā)展奠定了基礎(chǔ)，鋪平了道路。
　　1958年曾設(shè)高中班，改校名為“江寧縣秣陵關(guān)中學(xué)”。裴全報(bào)調(diào)入學(xué)校任支部書(shū)記兼校長(zhǎng)。裴校長(zhǎng)是革命干部，他發(fā)揚(yáng)了我黨的優(yōu)良傳統(tǒng)，工作艱苦樸素，深入群眾，寬厚待人，并放手讓任培源副校長(zhǎng)大膽工作。任培源是一位有才干的教育工作者，他組織和領(lǐng)導(dǎo)教師繼續(xù)深入地開(kāi)展了教育研究，卓有成效地探討了“中小學(xué)教材銜接問(wèn)題”、“開(kāi)展智力，培養(yǎng)能力”諸多方面的問(wèn)題，并親自參加教學(xué)實(shí)踐。在學(xué)科小組、文體活動(dòng)、勤儉辦學(xué)、勤工儉學(xué)等方面，以裴校長(zhǎng)為首的領(lǐng)導(dǎo)，繼承和發(fā)揚(yáng)了陳木齋校長(zhǎng)教育理念，在辦學(xué)治校中勇于實(shí)踐，善于研究，不斷創(chuàng)新，逐步摸索了一套艱苦奮斗，嚴(yán)謹(jǐn)治校，實(shí)事求是，遵循教育規(guī)律的農(nóng)村辦學(xué)經(jīng)驗(yàn)。從1958年——1965年，這個(gè)時(shí)期的成果是輝煌的。“三好”學(xué)生逐年增多，多的一年占全校學(xué)生總數(shù)的26.85%。1959年南京市統(tǒng)一考試，高、初中成績(jī)均獲得全市第二名。1960年全校種植面積達(dá)28畝，蔬菜產(chǎn)量高達(dá)772481公斤，飼養(yǎng)家禽6111只，養(yǎng)豬112頭，養(yǎng)魚(yú)5000尾。當(dāng)時(shí)正值國(guó)家三年困難時(shí)期，市場(chǎng)蔬菜、魚(yú)肉供不應(yīng)求，而學(xué)校師生生活自給有余，并支援了副食品市場(chǎng)的供應(yīng)。由于平時(shí)持之以恒地抓體育活動(dòng)，因此，體育成績(jī)也十分突出，在省、市、地區(qū)、縣運(yùn)動(dòng)會(huì)上學(xué)生宋益柱破全國(guó)少年男子60米記錄，魯步山平全國(guó)少年男子60米記錄。少年男子鉛球破鎮(zhèn)江地區(qū)記錄，男子跳遠(yuǎn)**名，女子跳遠(yuǎn)第二名，女子4×100米接力賽均破縣記錄。因?yàn)楦鞣矫娉煽?jī)優(yōu)異，經(jīng)南京教育主管部門(mén)考核驗(yàn)收，被評(píng)為“南京市紅旗學(xué)校”、“江蘇省教育先進(jìn)單位”，任校長(zhǎng)出席了省、市文教群英會(huì)，《新華日?qǐng)?bào)》報(bào)導(dǎo)了秣陵中學(xué)。兄弟學(xué)校、國(guó)際友人經(jīng)常到校參觀。這個(gè)時(shí)期的秣陵中學(xué)是南京市教育戰(zhàn)線上的佼佼者，可謂萬(wàn)綠叢中一點(diǎn)紅。
　　1966年開(kāi)始的“文化大革命”十年動(dòng)亂，教師遭迫害，教學(xué)秩序混亂，“三風(fēng)”被破壞，教學(xué)質(zhì)量無(wú)從談起。土地面積逐步縮小，大操場(chǎng)被侵占蓋政府辦公樓和大會(huì)堂，周邊群眾侵占蓋民房，后學(xué)校占地面積僅有36畝。學(xué)校改名為“江寧縣秣陵中學(xué)”。
　　1977年國(guó)家恢復(fù)了高考制度，學(xué)校教學(xué)秩序比較穩(wěn)定，教學(xué)質(zhì)量提升很快，高考升學(xué)率高的一年達(dá)到了67.56%（期中大部分是高中、中專）。從1985年開(kāi)始學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)更替頻繁，教師先后調(diào)出充實(shí)重點(diǎn)中學(xué)，教師素質(zhì)下降。編制缺額，生源素質(zhì)不高，教學(xué)質(zhì)量下降，徘徊不前。
　　盡管秣陵中學(xué)屬于非重點(diǎn)高中，但各任領(lǐng)導(dǎo)任做了大量的工作，辦學(xué)條件得到了徹底的改善。就其教學(xué)質(zhì)量而言，在全區(qū)同類型學(xué)校屬于中上等。學(xué)校先后被評(píng)為“江蘇省先進(jìn)教育單位”、“江蘇省家長(zhǎng)學(xué)校”、“**教科所德育研究先進(jìn)學(xué)校”、“南京市國(guó)防教育先進(jìn)集體”、“江寧縣文明單位”。學(xué)校團(tuán)委多次被評(píng)為市、縣（區(qū)）“紅旗團(tuán)委”，游鈞老師被評(píng)為“南京市勞動(dòng)模范”，周芷祥老師被評(píng)為“全國(guó)教育先進(jìn)工作者”。
　　2000年江寧縣劃入南京市區(qū)，學(xué)校易名為“南京市秣陵中學(xué)”。進(jìn)入21世紀(jì)以來(lái)，學(xué)校在藝術(shù)教育上有了顯著的成績(jī)，八年來(lái)共考取本科65名，專科123名（其中大部分是美術(shù)專業(yè)）。2006年王小林調(diào)入學(xué)校任校長(zhǎng)，他全面分析了秣陵中學(xué)興盛時(shí)期辦學(xué)經(jīng)驗(yàn)和特色，在科學(xué)發(fā)展觀的指導(dǎo)下，對(duì)在新形勢(shì)下的辦學(xué)目標(biāo)，辦學(xué)理念和“三風(fēng)”建設(shè)帶領(lǐng)一班人進(jìn)行了深入的探討。確定辦學(xué)目標(biāo)是：以人為本，重視質(zhì)量，培養(yǎng)特長(zhǎng)，看眼全面；“三風(fēng)”建設(shè)是：校風(fēng)：文明團(tuán)結(jié)求實(shí)創(chuàng)新；教風(fēng)：嚴(yán)情實(shí)活；學(xué)風(fēng)：文明求實(shí)勤奮進(jìn)取。為此，王小林校長(zhǎng)帶領(lǐng)一班人深入教學(xué)**線，深入師生生活的管理**線。抓住機(jī)遇開(kāi)展各種活動(dòng)對(duì)學(xué)生進(jìn)行道德規(guī)范教師師德規(guī)范教育，鼓勵(lì)師生頑強(qiáng)拼搏，為把秣陵中學(xué)辦出新特色作出新貢獻(xiàn)。在學(xué)校管理上開(kāi)展人性化和制度化管理相結(jié)合。領(lǐng)導(dǎo)晝夜輪流值班，白天深入課堂了解教學(xué)情況，夜間深入宿舍，指導(dǎo)和支持管理員嚴(yán)格執(zhí)行作息制度。有力克服學(xué)生夜間外出的惡習(xí)，使學(xué)校管理步入正軌。由于學(xué)校秩序謹(jǐn)然，教育、教學(xué)質(zhì)量顯著提高。2007年高考升學(xué)率71%，2008年高考升學(xué)率84%，受到了家長(zhǎng)和社會(huì)的贊譽(yù)。由此不懈努力，一個(gè)有新特色的秣陵中學(xué)一定會(huì)悄然而生。
　　秣陵中學(xué)建校半個(gè)多世紀(jì)以來(lái)，飽經(jīng)滄桑，在50多年的發(fā)展中，前輩們的閃光思想和敬業(yè)精神為秣陵中學(xué)積淀了深厚的文化底蘊(yùn)，幾代人的心血、汗水和智慧為社會(huì)哺育了一大批人才，他們中有學(xué)界名流金德華（清華大學(xué)教授）；詹世富（河海大學(xué)教授）；于本友（南理工大學(xué)教授），有醫(yī)學(xué)任振振（在美國(guó)）；有商界精英王寶富（在美國(guó)）；有高級(jí)將領(lǐng)王良旺（空軍副司令員、中將）；有政界領(lǐng)袖談太玉（國(guó)家體育局裝備處處長(zhǎng)）；張連發(fā)（原南京市副市長(zhǎng)）還有一批科技精英，體育健兒祖國(guó)衛(wèi)士，以及奮斗在全國(guó)各條戰(zhàn)線上的分子。五十春秋花香四海，萬(wàn)千學(xué)子業(yè)狀九州，足涉世界！