1939年8月，由路德會協同神學院組建辦學，取名“文德中學”，招收初一新生兩個班80人，后因辦學經費不足，主要招收新生補習，實為補習學校。
1941年8月，文德中學提出申請：將校名更為“私立萬縣協同初級中學”。
1942年4月，經四川省教育廳所派督學視察學校，通過“協同中學立案”。
1943年6月，協同中學**屆初中畢業。
1946年春開始招收高中學生。
1949年3月，四川省政府以教二字第07575號訓令，準予“私立協同中學立案”。
1950年12月23日，協同中學全校師生代表聯席會議決定：永遠與教會斷絕關系，堅決擁護黨和人民政府的領導，成為人民的學校。
1951年1月2日，萬縣市人民政府正式接管協同中學，更名為“川東區萬縣市第二中學”。
1952年9月1日，經四川省人民政府批準更名為“四川省萬縣市第二中學”（簡稱“萬二中”）。1954年遷入新址。
1959年9月經萬縣地委、專署研究決定，萬二中為萬縣專區重點中學，校名為：四川省萬縣第二中學。
1962年至1964年，萬二中高中在萬縣地區范圍內招生，名副其實地成為萬縣地區配培養高中學生的搖籃。
（1966年6月——1976年9月）十年文化大革命浩劫，萬二中遭受重大損失。
1971年4月，學校更名為“四川省萬縣市第二中學”。
1978年10月“文化大革命”結束，萬二中再次獲得新生。
1980年4月學校被確定為四川省首批辦好的重點中學，隨著我國改革開放前進的步伐，萬二中由此進入了重鑄教育輝煌的新時期。二十多年來，萬二中積累了豐富的辦學經驗，創下了驕人的教育教學業績，
1993年3月萬縣地區撤地建市，學校被確定為萬縣市教委直屬學校。重慶成為直轄市后。
1998年9月，萬二中被確定為市屬首批重點中學，校名更為“重慶市萬州第二中學”。
2002年5月更名為“重慶市萬州第二高級中學”。
2008年10月9日—10月16日，烏克蘭切爾卡塞市城市一中青少年友好交流團一行9人到萬州區第二高級中學進行交流訪問。
2009年4月30日是萬二中建校70周年慶，各界隆重祝賀
2009年5月23日至6月4日，應烏克蘭切爾卡塞市市長SergiyOdarych之盛情邀請，萬州二中黨委書記、校長馮李平率學校青少年友好交流代表團成功回訪了烏克蘭。代表團由黨委書記、校長馮李平任團長，外語組組長許傳俊老師為助手，成員包括高2010年級的孫思、朱雨瀟、湯梓苓和高2011年級的李曌、張文博、劉映玥、汪寧馨、郭策等八名學生。
全面深化教學改革和大力實施素質教育，確立了“為人生打基礎，與學生共發展”的辦學理念，以創辦“國家級示范高中”為辦學目標，以“讓每一位學生都得到好的發展”為培養目標，做到“讀書與做人協調發展，智能與體能協調發展，知識與能力協調發展，個性與共性協調發展”。在“辦科研先導型學校，做學者型教師”的立校思想指導下，形成了“寬松有序，自強自律；輕松有度，自主自立”的辦學特色，圍繞“在庫區有優勢，在重慶有特色，在全國有影響”的辦學目標，以“讀書與做人協調發展，智能與體能協調發展，知識與能力協調發展，個性與共性協調發展”為培養目標，使學生成為有高品位的道德修養，有高程度的社會責任感，有深厚扎實的文化基礎，有良好的身心素質，有較強的創新能力和自我發展能力，能主動適應未來社會的有健全人格的現代青年。形成了“常規是基礎，科研是效益；教師是關鍵，質量是生命”的辦學治校新觀念和“敬業愛生、求是創新”的教風、“修德尚美、勵志勤學”的學風，以及“求真求實、求新求精”的校風，形成了“寬松有序，自強自律；輕松有度，自主自立”的辦學特色，受到社會廣為贊譽。
學校占地面積100畝，學校現有教學班52個，在校生3200人。有“都市花園”的美譽，被國家教育部、環?？偩致摵鲜谟琛皣壹壘G色學?！狈Q號。學校教育教學設施完善齊備。鵬程樓寬敞明亮，教室里配有冷暖空調、大屏幕彩電，有高亮度數碼投影儀、電腦、視頻展示臺、多媒體教學講臺并接通了互聯網；有鋪設了塑膠跑道和人工草坪的標準運動場、塑膠籃球場；有健身館、現代化形體訓練房；有優美舒適的中心廣場。特別是逸夫科學館，氣勢恢宏，功能齊備，設施。
教學樓裝有冷暖空調，夏涼冬暖、美觀適用；現代化的健身館，集健身就餐于一體；投資1600多萬元的科學館，造型新穎、功能齊備、設備先進，有大型學術報告廳、語音實驗室、多功能電教室、計算機教室、電視演播廳、天象館、天文臺等，居重慶市中學設施設備；鋪設了塑膠跑道人工草坪的標準運動場和塑膠籃球場，給學生提供了強身健體的運動場所；學生宿舍寬敞明亮、設備先進、溫馨舒適、管理科學。該校率先在萬州區建成了千兆校園網，實現了“班班通”、“室室通”、“家家通”（千兆到樓，百兆到戶）。為每個教室安裝了電子監控設備，為家長與學校共同教育、關心孩子創造了極好的條件。
學校師資力量雄厚，現有教職工231人，其中中學高級教師90名，中學特級教師4名，研究員級教師3名，國家級骨干教師2名，市區級骨干教師50余名，市級學科帶頭人5名，具有碩士學位或研究生學歷的教師20余名。近幾年參加各類優質課競賽多人次獲得了國家級、省市級大獎，科研成果豐碩。教師學歷達標率為94.3%，其中研究生1人，大學本科145人，大學?？?0人。
在往昔的歲月里，萬州二中在各級黨委、政府及主管部門的領導下，始終站在教育改革的前沿，勵精圖治，奮發努力，為國家和社會培養、輸送了大量的人才，屢創佳績，碩果累累，異彩紛呈。學校榮獲了“全國創建綠色學?；顒酉冗M學?！狈Q號；先后被重慶市授予了“社會主義文明禮儀示范學校”、“文明學?！?、“學校德育先進集體”、“重慶市中小學思想道德建設工作先進集體”、“學校藝術教育工作先進集體”、“電教示范學校”、“信息技術教育示范學?！?、“教育科研實驗基地”、“綠色學?！?、“市容整潔小區”等榮譽稱號；學校黨委被萬州區教育工委評為“先進基層黨組織”，學校工會和團委分別被萬州區總工會和團委授予“模范職工之家”和“十佳五四紅旗團委”稱號。
校歌
《啊，萬州二中！》
巍峨太白著綠裝
瑯瑯校園披霞光
莘莘學子跨進新的黎明
用青春編織七彩的理想.
修德尚美
勵志勤學.
面向未來
再創輝煌.
豪情滿懷
走向新世紀
去迎接金色的太陽
啊,萬州二中
萬州二中
哺育英才的搖籃,
探求知識的殿堂
勇攀高峰我們的目標
爭做新人我們的方向
勇攀高峰我們的目標.
爭做新人我們的方向
校規
萬州二中體育課堂教學管理規定（學生）（試行）
1、上課鈴響后，由體育委員整好隊伍，向教師報告本班出勤人數，師生問好；
2、學生無故不上體育課以曠課論處。請事假必須在課前交由班主任簽字同意的假條，請病假必須在課前交校醫務室、班主任簽字的假條（因病不能上學者，課后補上）。病事假累計超過本學期上課節數1/3以上者體育成績59分；
3、學生遲到5分鐘以上按缺勤處理，未經教師許可**提前離開課堂，無故早退者以曠課論；
4、女生例假必須隨課見習，由教師酌情安排活動；
5、學生應穿輕便服裝和運動鞋上課，**戴帽子、手套、圍巾，**攜帶有礙活動及安全的物品；
6、學生上課時，要精神集中，講文明、講禮貌、服從命令、聽指揮、團結互助、勤學苦練；
7、不服從體育教師的安排，私自去進行其他活動，視為違紀。
8、學生要愛護場地、器材，體育委員協助教師課前、課后領取和歸還教具，丟失器材要按價賠償；
9、下課時要整隊點名，師生問候再見后，隊伍解散。
10、每期期末學校統一安排教師對大綱上要求的體育項目進行統一測試。體育成績不及格者，下期開學前兩天進行補考，班主任憑體育補考成績單報名。
11、凡體育成績未達到良好者，取消校級、區級、市級“優干”、“三好”、“團員”等評比資格。
12、學生的出勤情況納入學校對班級和年級的考核，曠課達到一定數量，按《中學生違紀處分條例》處理。
萬州二中體育領導小組
