海淀區第二實驗小學成立于1999年5月7日。它由原清河二小、清寧路小學合并而成，且先期合并了原朱房小學和安寧莊小學，辦學基礎較好。

目前有四個校區：本校校區、朱房校區、清寧校區、當代校區。

2010年橡樹灣小區投資擴建本校校區，修建可容納800人同時就餐的食堂，增建室內籃球館，擴建圖書館，將一圈僅僅有150米的原操場廢棄，修建了一個一圈400米的標準操場。這次擴建將海淀區第二實驗小學建成海淀區硬件設備的小學。

學校以全面貫徹黨的教育方針為宗旨，堅持“全面育人，教有特色，全面發展，學有特長”的辦學思想，以科研為先導，深化教學改革，務本求實抓質量為學校教學工作之魂。2000年12月，學校被海淀區教委授予海淀區“學校藝術教育先進集體”稱號。在1999年9月的海淀區教育系統第七屆“紅燭懷”文藝匯演和2001年6月慶祝中國共產黨成立80周年暨第八屆“紅燭懷”文藝匯演上，學校均榮獲器樂合奏一等獎。2001年，學校被評為“全國創造教育先進集體”和“先進教科室”。學校小紅帽管樂團已展露頭角，特長生逐年增加，他們在科技、合唱、朗誦、演講、舞蹈等各種比賽中榜上有名。

海淀實驗二小有一支精誠合作，率先垂范，年齡有層次，學歷有高度，指導有水平，人人有佳績的干部隊伍。領導班子共8人，均具有本科學歷，平均年齡37歲。海淀實驗二小還有一支業精品佳，團結進取，樂于奉獻的教師隊伍。其中市級骨干教師、市級先進教師、區級學科帶頭人、學區級帶頭人、主任教師占25%。這支隊伍中具有大專及以上學歷的教師占80%以上。

目前本校有教學樓3座,面積近一萬多平方米，有計算機房,語音教室,自然教室、自然儀器室、勞動教室、科技教室、手工教室、美術教室、音樂教室、書法教室、排練廳、訓練廳、主控室、演播室、圖書閱覽室，多功能教室、階梯教室、教師畫室、教師電子備課室等各類專用教室近30個。

另外，學校還設有廣播、電視雙向閉路系統、校園網絡系統,設有會議室、榮譽展室、文印室、檔案室、儲藏室、心理咨詢室、教具庫等日常管理設施，室內設備精良、功能齊全。同時另設三個分校。由于學校榮譽頗多，一個榮譽展室不夠放，所以很多獎牌、獎狀會在其他三個分校區輪流展覽。在展室的前面是少先隊隊室，是隊干部們召開例會的地方。

學校還設有上級批準的營養配餐食堂，單身宿舍等教學輔助設施，為師生提供優質的服務。

海淀實驗二小是育人的搖籃，小紅帽管樂團已露鋒角，特長生逐年增加，科技、合唱、朗誦、演講、舞蹈、鼓號隊等各項比賽均在全國、市、區級比賽中榮獲一、二、三等獎。

在海淀區中青年教師教學擂臺賽、區學科帶頭人評優課中，該校教師多次榮獲一、二等獎，教師管樂團在海淀區教育系統"紅燭杯"文藝匯演中兩次榮獲器樂演奏一等獎。學校先后被上級授予"師德建設先進集體"稱號"海淀區學校藝術教育先進集體"稱號、"先進職工之家"、"全國創造教育先進集體"和"先進教科室"。

海淀實驗二小站在二十一世紀的起點上，已踏入校風優良，隊伍優化，設備先進，質量的軌道。我們將努力奮進，以的育人環境，的教育設備,的師資隊伍，的教育質量，以全新的面貌展現在世人面前。