杭州市余杭第二高級中學誕生于一九九八年二月，在承接了原省一級重點高中臨平中學的全部內部設施和一大批敬業愛崗，專業學識水平較高的教師隊伍的基礎上，全體師生努力以“求實、求真、勤奮、迎新”的校訓為座右銘，改革，發展，創新，以繼承、發揚和拓展原臨平中學優良的學風、教風和校風為已任，齊心合力，努力在省一級重點高中的原址上實現第二次創業。在創建“自我教育”和“自主學習”學校特色的指引下，經過全校師生三年多來的奮力拼搏，學校已于2001年11月通過省教育廳的評估和驗收，正式被認定為浙江省三級重點高中，實現了分校、建校時確立的三年目標。
學校老校址占地面積59畝，校舍建筑面積15155平方米。為了適應城市化發展的進程，滿足社會對優質高中日益增長的需求，杭州市余杭區政府決定余杭二高異地重建。經過一年多的前期籌備，在完成新校舍近6萬平方建筑設計的同時，新建學校的170畝土地已全部征用和平整完畢。2003年2月底開始進入土建施工。二高的新校舍按浙江省寄宿制高中標準建造，能容納14軌42班的師生工作、學習和生活。二高新校的各項設施依照高標準、高規格和現代化的要求配置，體育館、游泳館、藝術館、信息樓和實驗樓一應俱全，校園內通訊、廣播、電視、網絡和信號系統完備，學習、工作和生活設施在杭州地區屬于。二高新校舍預期在今年七、八月份結頂，年底前后全面竣工交付使用。
余二高師資實力雄厚，全校專任教師本科學歷達標率在百分之95以上。專任教師中具有中、高級職稱的比例高達百分之65，其中，獲縣區學科帶頭人、骨干教師和教壇新秀以上稱號的有33人，占專任教師的1/3以上。這是一支素質優良，結構穩定，教風嚴謹，充滿活力，具有較強的教科研意識的精良隊伍。近5年來學校教師撰寫的論文僅在地市級以上發表和獲獎的就有一百余篇。建校四年來，全體師生團結拼搏，共同努力，學校的教育、教學質量逐年穩步提升，已步入良性發展階段，教育和教學質量位于市內各高完中較前列的位置。在教師的精心指導下。僅去年一年，學校共有學生100余人次在國家及省、地市級參加包括理化生各學科在內的各類競賽中獲獎。繼01年學校高考上線學生突破400大關，02學年高考上線人數實現超過500人的目標，連續兩年保持上線學生人數為全區之。每年學校高考上線率在95左右，本科率穩定在50左右。學生的體育、藝術水平在全區高完中處于較的地位。
